独自ドメインのURLだとレイアウトがずれるという現象で四苦八苦しており

独自ドメインのURLだとレイアウトがずれるという現象で四苦八苦しております。
具体的に言いますと、「さくらインターネット」でレンタルサーバーを借りて、ホームページを運営しているのですが、さくらのドメインでのURLで表示されるのと、独自ドメインでのURLで表示されるのとでは、10px程、全体的にレイアウトが右にずれてしまうのです。こういう事ってあるのでしょうか？
ちなみに、さくらでのインターネットでは他に、３サーバー程レンタルしているのですが、そういう現象はありません。
一つ気になる事は、まだ独自ドメインが反映されて、２時間ぐらいしか経っていないという事です。でも独自ドメインのURLで表示されているので問題ないと思うのですが？
さくらのサポートにも質問したのですが、回答がまだ来なくて、あせっています。
どなたかよろしくお願いします。

No.3 回答者： kawacchi 回答日時： 2010/09/10 10:25

自分の場合はローカルで起こった現象ですが、

winXP、IE6で特定のパスのファイルを表示するとレイアウトが崩れたことがあります。
フォルダ名やファイル名を一文字変更しただけで表示が正常になり、戻すとまた崩れる。
ネット上にアップすれば当然パスも変わるため、正常に表示されました。

なので、ファイル名を変えてみると直るかもしれません。可能性は低そうですが・・・。
そのドメインの他のファイルや、複数のブラウザでも表示が崩れるのならまた違う原因がありそうですね。

この回答への補足

kawacchi様、お返事ありがとうございます。
ファイル名を変えてみましたが、やはりだめでした。
あの、今、改めて２つの違いを見てみたのですが、文字の大きさも変わっているような気がします。
何か関係があるのでしょうか？

補足日時：2010/09/10 13:37

No.2 回答者： noname#117599 回答日時： 2010/09/10 09:33

同じブラウザと設定、同じウィンドウサイズ、同じ表示倍率であればサービス側でデータを書き換える機能がない限り、表示は同一になるはずです。

となると一方のサーバで対応していない機能をHTML内に埋め込んでいる、などでしょうか。
（PHPに対応していないのにPHPの記述が含まれている、など）
また単にそのふたつのサーバでアップロードしたデータに違いがあるなどの原因も考えられます。

ただし現在いただいている情報だけでは特定が困難ですので、そのふたつのサイトを見せて頂く事が一番わかりやすいのですが、それは難しいでしょうか。

この回答への補足

okcss様、お返事ありがとうございます。
一つご指摘に関係があるとすれば、HTML内にメニューがスライドする、javascriptライブラリを使用していますが、、、
二つのサイトをお見せしたいのですが、ここで、それを示しますと、削除できなくなり、スパム行為になりかねないので申し訳ありませんが。
あの、今、改めて２つの違いを見てみたのですが、文字の大きさも変わっているような気がします。
何か関係があるのでしょうか？

補足日時：2010/09/10 13:42

No.1 回答者： co_marimon 回答日時： 2010/09/09 18:48

ソースは分析したのでしょうか？

独自ドメインじゃないサーバが勝手に何かコードを付け加えていませんか？
ソースが完全に一致しているのに差が出る心当たりは今のところ無いです。

この回答への補足

co_marimon様、お返事ありがとうございます。
ソースは完全に一致しています。

補足日時：2010/09/09 20:09