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琵琶湖のアユは一生を湖で過ごす陸封型であまり大きくならないので「コアユ」と呼ばれていますが、河川へ放流すると通常のアユと同様に大きくなることが分かってからは、全国各地に放流用鮎苗として大量に出荷されています。
海から遡上するアユとは遺伝的に別種であることが最近わかり、生態系を乱すとして問題視する声もあるようです。それはともかく、コアユ釣りや放流・養殖用稚鮎の調達であれば、漁業関係団体に問い合わせてみてはいかがでしょうか。http://www.pref.shiga.jp/g/suisan/kankei.html
滋賀県水産試験場の調査では、鮎の産卵数や魚群数は奥琵琶湖(湖北)のほうに多いようです。
平成17年度アユ産卵調査結果概要
http://www.pref.shiga.jp/g/suisan-s/h17_ayu_gaiy …
琵琶湖アユ魚探調査結果概要(平成18年4月)
http://www.pref.shiga.jp/g/suisan-s/h18_04_ayu.pdf
加工食品としての琵琶湖産コアユは「あめ炊き」が美味です。琵琶湖のどのあたりで獲れたかまでは気にしたことがありませんが。
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