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ありがとうございます。
そうみたいです。説明が足りなくて申し訳ないんですけど、どうやらPower BI上ではご指摘いただいた状態になってるようです(Power Queryという機能はExcelのPower Queryとほとんど同じ)。
別に元データを結合して、結合先のテーブルと元データのテーブルが両方表示されると、目に入る情報が多くなって邪魔だな、程度の話ではあるのですが。
ちなみに元データのファイル自体を削除できないということではなく、Power BIの表示画面上で結合前のデータも表示され続けるので、PowerBIのファイル上から削除したり非表示にしたりできないかな、という質問でした。