ChIPアッセイの定量

まだまだ研究室に入りたてで未熟で常識かもしれませんが、
ChIP(クロマチン免疫沈降)アッセイを行い、その後のPCRをRT-PCRすることで、バンドの濃さを定量する。quantitative ChIP assayという手法が論文に載っていました。この実験ではコントロールをどのように設定してうのでしょうか？単純なRT-PCRではアクチンなどをコントロールとして用いますが、ChIPの場合では抗体で特異的なクロマチンを沈降させるためコントロールとなる遺伝子が無いのではないでしょうか？
つたない文章ですが分かる方がいましたお願いします。

No.1 回答者： overthisgraysky 回答日時： 2009/08/28 02:23

自分もまだ勉強中なのですが、コントロールはいくつかあります。

例えば、２つのサンプルから回収したクロマチンに対して、蛋白質Aに対する抗体で免疫沈降して、遺伝子Bのプロモータ－に対するqPCRを行なう場合、
免疫沈降のコントロールとして、抗体の代わりにIgGだけを使います。
qPCRのコントロールとして、遺伝子Bのプロモーターではない領域、あるいは遺伝子Bとは別の遺伝子（GAPDHなど）に対するプライマー/プローブを使います。