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Hyper-V(Microsoft社)、VMware(VMware社)、VirturalBox(Oracle社)が横並びで、仮想マシン環境を動かすソフトです。
これだけで仮想マシンを作れます。Vagrantは、たくさんの同じ内容の仮想マシンを作る場合とか、あらかじめ作られた仮想マシン設定を利用して簡単に仮想マシンを作るなどの場合に使うツールです。上記3つのどれかと組み合わせて使います。
Dockerは仮想マシンじゃなくて、コンテナという種類の仕組みで、これはプロセスを閉じた箱(コンテナ)の中に閉じ込める仕組みです。
この箱が、仮想マシン相当の物になります。
Linuxの機能の1つなので、Windowsで使う場合は上記仮想マシンでLinuxを動かしてその中でコンテナを動かす事になります。
自分でLinuxを仮想マシンにインストールしても良いし、Docker for Windowsというツールを使っても良いです。
どの方法が良いかは、そもそも何をしたいのかに依ります。
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