データ解析ソフトRのパッケージのインストールの問題

データ解析ソフトRにBiipsのパッケージRbiipsというものがあります。インストールしたいので以下のようにしました。

１ CRANに含まれていないのでzipファイルを取り寄せて保存。
Rcppが必要ということでインストールしておく。

２ そのあと、以下のように進みました。コマンドと応答は以下の通りです。

> install.packages('d:/temp/Rbiips_0.10.0.zip') ←保存先を指しています。
パッケージを ‘C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/4.0’中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないため) 'pkgs'から 'repos = NULL' を推測
パッケージ ‘Rbiips’ は無事に展開され、MD5 サムもチェックされました。

> library(Rbiips) ←インストールされているものを呼び出す
要求されたパッケージ Rcpp をロード中です
エラー: package or namespace load failed for ‘Rbiips’:
package ‘Rbiips’ was installed before R 4.0.0: please re-install it

パッケージがうまく動作しない場合、パッケージをひとまずフォルダごとに手動で消すとうまくいく可能性があるらしいです(qiitaより)。
C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/4.0/Rbiips を全部消して、re-installしたのですが、上記の症状は回復しません。

このパッケージは独特なのでしょうか。よろしくお願いします。

No.3 回答者： kamiyasiro 回答日時： 2020/10/21 00:07

#2です。

＞ Biipsの機能はStanがカバーしているのでしょうか。

私は、Rbiipsの説明を日本語で読んだだけなので、どこまでできるかは分かりません。すみません。一方、Stanは開発途上なのでこれから機能は増えていくのではないでしょうか。状態空間モデルも可能です（やったことは無いですが）。

でも、インストールは結構面倒でした。ベイズはMCMCを回すためにコンパイラを入れる必要があり、StanはRtoolsを使いますが、そのパスを通すのに結構苦労しました。BiipsはRcppなんですね。これらもバージョンが合っていないと動かないですよね。
でも、Stanはインストール後のチェック用スクリプトも出回っているので、問題点は発見しやすいです。

勤務先では、私は社内教育を担当する立場なので、しばらくはOpenBUGSを使うつもりです。インストールがワンクリックで簡単にでき、どんな環境でも動くからです。グラフィックも充実しています。ただ、モデルファイルの書式が独特で、そこが難点です。
一方で、Stanにして欲しいという要望も強くあります。StanのモデルファイルはPythonでも共通に使えますので、そっちのユーザーから要望が来ます。

あと、ベイズ回帰やベイジアン分散分析は、私はJASPを使っています。これは市販の統計ソフトのように使用でき（プログラミング不要）、結果も保証されているので、安心して業務適用できます。ただ、マルチレベルモデルや状態空間モデルは出来ないと思います。

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。
Rの4.0.2ですが、
install.packages(”rstan”) としてlibrary(rstan)というところまでほぼトラブルなしで行くようには見えます。実はちゃんとセットされていないかもしれないということでしょうか。
このようなデータ解析ソフト群ってかなり多いですね。大昔のSPSSに始まってJMPとかほかにもう名前も忘れたもの(なんとかstatとか)があり、...R, M-plus,とかです。有償だったりオープンだったり。JASPというのは存じませんでした。Pythonのパッケージ群も含めて全体を俯瞰したいのですが。検索したのですがJASPも良さそうですね。知りませんでした。

お礼日時：2020/10/24 10:24

No.2 回答者： kamiyasiro 回答日時： 2020/10/20 15:38

#1です。

すみません。一応調べて回答したのですが、自分の環境で確認したわけではありません。
回答はあくまで推測です。Rbiipsは2014年以降更新が止まっていることからR４以降の対応はできていないのでは、ということです。

biipsはBUGSのスクリプトが動くということが書いてあったので、私も興味があるのですが、世間の潮流はStanですからね。私もRStanを動かすためにR4.0.2に更新したクチです。JAGSもありますが、解説が少ないので使ったことがありません。

BUGSとStanは「精度」か「分散」かという点が真逆ですが、Stanの方が一般受けします。それと、確率が非常に小さいところは、ギブスサンプラーよりStanが使っているハミルトニアン・モンテカルロの方がサンプリングの安定性が良いようです。

biipsのMCMCは何を使っているんでしょうね。興味あります。

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。
Rライブラリは、dlm, Stan,Biips,pomp,NIMBLEというものがそのような目的に対応しているようです。それらがどういう性質になっているのか星取表みたいに整理したいところです。これらのものはとにかく計算システムを先にいれて理屈があとからついてくるという感じです。解析に供するデータも多いのでますます理屈が遠のいてしまいます（勉強より実際に作業する対象が多い）。StanはCRANに入っているからインストールが簡単になったみたいですね。Biipsにこだわる気持ちはありません。すべてBiipsの機能はStanがカバーしているのでしょうか。

お礼日時：2020/10/20 22:12

No.1 回答者： kamiyasiro 回答日時： 2020/10/20 07:26

企業で統計を推進する立場の者です。

ご使用のRのバージョンは４以上ですか。もし４以上なら、「このライブラリは４以上に対応していない」というのが原因でしょう。

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。
package ‘Rbiips’ was installed before R 4.0.0: please re-install it　が、そういう意味になるのですか。re-install itというのは4.0.0より前のRにして下さい、ってことですね。
Rbiips’ was installed before R 4.0.0　という英語ですが、
Rbiips’ could be installed before R 4.0.0 だと"そうか"と、わかるのですが。

実は4.0.0, 3.6.2というのも同居しています。3.6.2でも結果は同じだったと思いますが。同居している（もちろん別のフォルダに）というところが問題かもですが。

お礼日時：2020/10/20 14:11