プロが教えるわが家の防犯対策術!

質問です。初めて画像フリーソフトのimageJを使っています。Green Fluorescent proteinを、定量化してみようということになり、これを使うことになりました。強度(intensity)を測定して、画像同士で比べるということをしたいのですが、さっぱりわかりません。背景は一応黒です。日本語の説明書もサイトで見つけて、読みましたし、あと似たような質問がサイトでありましたのでそれも見ましたが、いまいちわかりません。理論も知らなくてはいけないとは思いますが、とりあえずやり方だけ1から教えていただけると、本当に助かります。こちらから何の情報をここに書けばいいのかもわかりませんので何なりと言って下さい。よろしくお願いします。

A 回答 (2件)

> この方法では、緑以外のものも読んでしまうとかはないんですか?



この方法は、全画素の明度を平均します。
背景の画素も0とみなして平均の計算に使います。


緑のみ対象に処理する場合も、ImageJだと一旦グレースケールに変換するような事になるハズ。
例えば、開いた画像を、
Image > Color > Split Channels
でr, g, bの3つの画像に分割し、緑に対して処理とか。

白すぎる部分を除外した画像の強度、明度を計算するなら、
Image > Adjust > Threshold
で、
Dark backgroundにチェック
1本目の下限値と、2本目の上限値を指定するスライダーで処理対象の範囲を指定
すると、処理したい箇所だけが赤くなります。

Analyze > Analyze Particles
で、処理対象の赤いブロックの数とか面積、重みなんかが解析されます。

--
> こちらから何の情報をここに書けばいいのかもわかりませんので

こちらも、質問者さんが何をどうしたいのかがちょっと分かりません。
ネットにある似た画像、

Green Fluorescent protein - Google 検索
https://www.google.co.jp/search?q=Green+Fluoresc …
Green Fluorescent Protein - Course NEUR 0193: Great Controversies in Neurobiology - Brown University Wiki
https://wiki.brown.edu/confluence/display/BN0193 …

なんかを提示して、
・下の方のクラゲの画像で緑の部分の強度、明度の平均を解析したい。
・画像の下の方に白文字が入ってるが、これを上の平均から除外したい。
・クラゲの画像ならトリミングしたら簡単だが、実際の画像は対象に文字がかぶさってるので色の処理で対処したい。

とかって具体的な話する方が良いと思います。
    • good
    • 0
この回答へのお礼

素晴らしい回答ありがとうございます。僕自身もわかってないことが多いので、質問があいまいすぎてすみませんでした。とりあえず、画面は黒と緑だけなはずなのですが、(顕微鏡の電源をoffしてGFPのみをみてますので)目には見えない外からの光とかが入るのかな~なんて思いまして、この補足をしました。また、さらに詳しく書かせてもらうと、僕が調べているのは顕微鏡でのスライドの写真であり、文字などはなく、この中の緑色の部分の強さ(平均でもいいと思います)を数値化することで、いろんなスライドと比較して、どれがどれだけより発光しているかということを測りたいのです。(これもあいまいですかね~)
ただ、今すぐは仕事場でないのでできませんが、neKoさんのおっしゃるように、
「Image > Color > Split Channels
でr, g, bの3つの画像に分割し、緑に対して処理とか。」
の方法でやってみようと思います。本当にありがとうございました。

お礼日時:2014/08/28 23:44

> 強度(intensity)を測定して、


> 背景は一応黒です。

画素の明るさの平均値なら、画像を開いて、
メニューのAnalyze > Measure
で表示されます。

Resultsウィンドウには解析した結果が逐次表示されますから、それで定量化して強度を比較したって事になると思いますが。
「imageJの使い方」の回答画像1

この回答への補足

早速の解答、本当に本当にありがたいです。ただ聞きたいのですが、この方法では、緑以外のものも読んでしまうとかはないんですか?というのは以前の質問に、RGB画像なら・・・ってことが書いてあったので。重ね重ねよろしくお願いします

補足日時:2014/08/28 16:31
    • good
    • 0

お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!

このQ&Aを見た人はこんなQ&Aも見ています

このQ&Aを見た人が検索しているワード

このQ&Aと関連する良く見られている質問

Qエクセル STDEVとSTDEVPの違い

エクセルの統計関数で標準偏差を求める時、STDEVとSTDEVPがあります。両者の違いが良くわかりません。
宜しかったら、恐縮ですが、以下の具体例で、『噛み砕いて』教えて下さい。
(例)
セルA1~A13に1~13の数字を入力、平均値=7、STDEVでは3.89444、STDEVPでは3.741657となります。
また、平均値7と各数字の差を取り、それを2乗し、総和を取る(182)、これをデータの個数13で割る(14)、この平方根を取ると3.741657となります。
では、STDEVとSTDEVPの違いは何なのでしょうか?統計のことは疎く、お手数ですが、サルにもわかるようご教授頂きたく、お願い致します。

Aベストアンサー

データが母集団そのものからとったか、標本データかで違います。また母集団そのものだったとしても(例えばクラス全員というような)、その背景にさらならる母集団(例えば学年全体)を想定して比較するような時もありますので、その場合は標本となります。
で標本データの時はSTDEVを使って、母集団の時はSTDEVPをつかうことになります。
公式の違いは分母がn-1(STDEV)かn(STDEVP)かの違いしかありません。まぁ感覚的に理解するなら、分母がn-1になるということはそれだけ結果が大きくなるわけで、つまりそれだけのりしろを多くもって推測に当たるというようなことになります。
AとBの違いがあるかないかという推測をする時、通常は標本同士の検証になるわけですので、偏差を余裕をもってわざとちょっと大きめに見るということで、それだけ確証の度合いを上げるというわけです。

QW/V%とは?

オキシドールの成分に 過酸化水素(H2O2)2.5~3.5W/V%含有と記載されています。W/V%の意味が分かりません。W%なら重量パーセント、V%なら体積パーセントだと思いますがW/V%はどのような割合を示すのでしょうか。どなたか教えていただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

w/v%とは、weight/volume%のことで、2.5~3.5w/v%とは、100ml中に2.5~3.5gの過酸化水素が含有されているということです。
つまり、全溶液100ml中に何gの薬液が溶けているか?
ということです。
w/v%のwはg(グラム)でvは100mlです。

QImageJで光の強さを数値化

データ処理に困っています、どうぞ助言をよろしくお願いします。

実験で様々な菌体にGFPを結合させ、蛍光顕微鏡写真をとりました。
それぞれの菌体で結合量に差があり、それを数値化したいと考えています。

現在、ImageJを用いて試みています。
直線の選択ツールで菌体を縦に割るように線を引き、Analyze→Prot Profileをしてるのですが、Gray Valueの最大値が80になっており、二次元グラフが頭打ちして正確な値を知ることが出来ません。

そこで質問なんですが、最大値を増やす方法はありますか?
また、無い場合、他に光の強さを数値化する良い方法があったら教えていただけると嬉しいです。

Aベストアンサー

Edit/Options/Profile Plot Options...のMaximum Yが80になってるんじゃないですか? そこの数値を変えてみてはどうでしょうか。
Fixed Y-axis Scaleのチェックを外すだけでもいいかもしれません。

下のURLも参考にしてください。

参考URL:http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/imageJ-help.htm

QImageJ を使った色の数値化

現在、試薬を与えると植物根の色が変色するという実験をおこなっています。

処理後の植物根を顕微鏡で観察し、デジカメで撮影をおこないました。
写真を見ると植物Aの根とBの根では明らかに色の強さに違いがありました。

そこで、色の違いを客観的に判断するために、色の強さを数値化したいと考えています。

今わたしのパソコンにはImageJというソフトがあるのですが、このソフトを使って、
指定した範囲の色の強さを数値化することは可能でしょうか?

Aベストアンサー

範囲指定後にAnalyze>Measureで表示されるMean Gray Valueというのが指定された範囲内のシグナル強度の平均値だったと思います。RGB画像ならImage>Type>RGB StackとやればRGBそれぞれの強度も出せるはず。

ImageJのマニュアルを日本語化して下さっているサイトを載せておきますので、調べてみて下さい。

参考URL:http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/imageJ-help.htm


人気Q&Aランキング