脳の記録部位の集計方法について

マウス脳の神経細胞から記録をとっているのですが、記録データと記録をとった脳部位の関係について集計したいと考えています。脳スライス画像と記録部位が移った画像データを残しているので、マウス標準脳の座標に一つ一つ当てはめていくという方法がよいように思いますが、具体的にどのようにしたらよいか困っています。何か良い方法はないでしょうか。image j fijiのROIを使って標準脳のtiff画像に注釈を加えていくという方法も考えましたが、目的とした情報（記録部位の座標）を3次元画像上に保存して残せない仕様のようです。

No.1 回答者： himagene 回答日時： 2022/06/11 22:57

脳スライス画像があるということは画像の3次元データがあるということ。

一方、各部位のデータを採るという事はデータの3次元位置がわかっているという事。ImageJにこだわらなければ紐付けだけの問題なのでいくらでもやりようはあるのでは。英語で検索すれば、もしかしたら、IJのプラグインがあるかもしれません。

この回答へのお礼

ありがとうございます。脳スライス画像については1個体から2－３枚のデータしかないものなので、画像データだけで3d化はできません。IJのプラグインを探してみようと思います。

お礼日時：2022/06/12 10:09