macportsでインストールができない

macportsはインストール済みです。
macportsであるソフト（遺伝子解析ソフト：ARB）をインストールしたいのですができません。

PC環境
OS：Mac OS X 10.7.4(Lion)
ダウンロードインストール済：
Macports 2.1.1、X11、Xcode 4.3.3、Command Line Tools

説明ではMacportをインストール後
ターミナルで "sudo port install arb"
と入力すればインストールが始まるとありました。
http://www.haloarchaea.com/resources/arb/

しかし
"sudo port install arb" を入力後、パスワードを求められて入力しましたが、
"Error: Port arb not found"
と表示されてこれ以上進みません。
どうすればインストールできるか教えてください。

"port -v" と入力すると
"MacPorts 2.1.1" とでてくるので、パスは通っているかと思います。

ちなみに、
MacportsのGUIであるPorticusはMac OS X 10.7(Lion)には対応していないので使えません。
Mac OS X 10.6.8 (Snow Leopard)では上記URLのサイトの説明通りインストールできました。
googleで原因を検索してみましたが、よくわかりませんでした。
Finkでもインストールできると、サイトに記載があったので一度やってみたのですが、
複雑でよくわかりませんでした。
Finkでインストールするしかないのでしょうか。

No.6 ベストアンサー 回答者： ki073 回答日時： 2012/07/27 07:24

No.5の補足欄について

どこまでやられたのか分かりにくいのですが、確認です。
とりあえずNo.5でリンクしている
http://d.hatena.ne.jp/takuya_1st/20110102/129397 …
に沿ってやることにします。
手順を少し変更します、この通りやってみてください。

1) まず、sources.confを編集します。
sudo vi /opt/local/etc/macports/sources.conf
キーiを押すと編集できるようになります。最後の行にrsync～の行がありますので、行の先頭に#を入れ、次の行に
http://www.macports.org/files/ports.tar.gz [default]
を追加します。
escキーを押して続けてZZ(大文字でZを2つ)と入力すると保存されviが終了します。
(分かりにくければCotEditorを使ってください)
cat /opt/local/etc/macports/sources.conf
で変更されているか確認してください。

2) プロキシを一時的に登録
ターミナル画面で
export http_proxy=http://<proxy_server>:<proxy_port>
と入力してください。
実際には大学の設定
export http_proxy=http://proxy.xxxx-u.ac.jp:8080
のような感じになっていると思います。No.4によるとsafariなどはproxy経由になっているようなのでそれと同じproxyを指定します。
次にenvでhttp_proxy～が登録されていることを確認してください。

3) MacPortsよりダウンロード
sudo port -d sync
としてください。
これでダウンロードが始まれば正解です。まずここまでやってみてください。

4) http_proxyをファイルに登録
上の2)では一時的に利用できるようにしただけですので、ファイルに登録します。
ここはNo.5の回答を参考にしてください。

この回答への補足

2)プロキシを一時的に登録、まではできてそうなんですが、
3)Macportsよりダウンロード、でエラーがでます。

＜sources.confの変更確認＞
cat /opt/local/etc/macports/sources.conf
（省略）
#rsync://rsync.macports.org/release/tarballs/ports.tar [default]
http://www.macports.org/files/ports.tag.gz[default]

＜プロキシ登録の確認＞
(一部抜粋)
http_proxy=http://dhcpproxy.XXXX.XXX.ac.jp:8080

＜MacPortsよりダウンロード＞
sudo port -d sync
Warning: No default port source specified in /opt/local/etc/macports/sources.conf, using last source as default
DEBUG: Copying /Users/ユーザー名/Library/Preferences/com.apple.dt.Xcode.plist to /opt/local/var/macports/home/Library/Preferences
---> Updating the ports tree
Synchronizing local ports tree from http://www.macports.org/files/ports.tag.gz[default]
DEBUG: The requested URL returned error: 404
while executing
"curl fetch ${source}/PortIndex $indexfile"
(procedure "mportsync" line 253)
invoked from within
"mportsync [array get global_options]"
port sync failed: The requested URL returned error: 404

補足日時：2012/07/27 17:22

No.9 回答者： ki073 回答日時： 2012/07/29 23:20

arbのインストールはできたようですね。

今回はhttpのプロキシを設定しましたが、rsyncのプロキシを設定できる場合もあるようです。
私のところは今はプロキシを設定せずに外部と接続できるようになっているのですが、以前はrsyncのプロキシを設定しないとできませんでした。
export rsync_proxy=rsync://<proxy_server>:<proxy_port>
あるいは
export rsync_proxy=<proxy_server>:<proxy_port>
のような設定でいけました。

rsyncでないと駄目な時には試してみてください。

No.8 回答者： ki073 回答日時： 2012/07/27 21:55

MacPortsは~/.profileを作るようですので、そこに

http_proxy=http://dhcpproxy.XXXX.XXX.ac.jp:8080
を書き加えておいてください。
export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH
の行がありますので、まあその下あたりはどうでしょうか。

vi ~/.profile
で後はNo.6の1)を参考にviを使ってみてください。

CotEditorの場合はshiftキーを押したままファイルメニューをクリックすると、.（ドット）から始まるファイルも見えるようになります。

＞ダウンロードされたzipファイルports.tar.gzは、解凍してどこかにいどうしたほうがいいのでしょうか？
なにもする必要はありません。自動的に使われます。
No.2補足欄にあります
＞arbのダウンロードファイルは、ダウンロードフォルダに入ったままです。
＞解凍はしてあります。arbファイルはどこかに移動した方がいいのですか？
これも必要有りません。捨ててもらって結構です。

要するにターミナルからのコマンドで全部自動でやってくれます。

この回答へのお礼

ありがとうございます！
~/.profileの件はまた大学へ行ったときにやってみます。
arbのインストールはぶじできました。

>しかし、Mac OS X 10.6.8ではなぜできたのでしょうか？
>Porticusでproxyの設定ができなのかな？？
自宅のインターネット環境だっただからだと思います。
Mac OS X 10.6.8はノートで、自宅にいたときにarbをインストールしました。

お礼日時：2012/07/27 23:33

No.7 回答者： ki073 回答日時： 2012/07/27 18:01

これが原因かどうかわかりませんがsources.confで

http://www.macports.org/files/ports.tar.gz [default]
のところでports.tar.gzと[default]の間にスペースがないとエラーになります。確認してください。

No.6のリンクが間違っていましたね
http://ishwt.net/blog/2011/04/05/use-macports-at …
です。No.5と同じですが

この回答への補足

sudo port -d sync
でダウンロード始まりました！ありがとうございます！

ダウンロードされたzipファイルports.tar.gzは、
解凍してどこかにいどうしたほうがいいのでしょうか？

あと、http_proxyをファイルに登録の方法がよくわかりません。
何回もすみません。教えていただけますか？？

補足日時：2012/07/27 18:33

No.5 回答者： ki073 回答日時： 2012/07/24 17:12

No.4で回答されてるようにrsyncのproxyの問題みたいですね。

「macports proxy」で検索するといろいろと出てきます。例えば
http://ishwt.net/blog/2011/04/05/use-macports-at …
を参考にしてください。
ターミナルで
env
としたときに、すでにhttp_proxyが登録されていたら
/opt/local/etc/macports/sources.conf
の変更だけに。
それと、~/.profileに追加となっていますが、.bashrcや.bash_profileがもし設定されていたら、読み込まれない可能性がありますので、.bashrcや.bash_profileがあればそちらにexport ～を書き込んでください。
ちょっとややこしいが、理由は
http://d.hatena.ne.jp/takuya_1st/20110102/129397 …
参照


また/opt/local/etc/macports/sources.conf
を変更するには、CotEditorなどが便利です。sudo viでも構いませんが
http://sourceforge.jp/projects/coteditor/

しかし、Mac OS X 10.6.8ではなぜできたのでしょうか？
Porticusでproxyの設定ができなのかな？？

この回答への補足

たびたび回答ありがとうございます。
まだインストールまでたどり着けていません。。。
もうちょっとおつきあいください。

教えてもらったところで２点がよくわかりませんでした。
>それと、~/.profileに追加となっていますが、.bashrcや.bash_profileがもし設定されてい
>たら、読み込まれない可能性がありますので、.bashrcや.bash_profileがあればそちらに
>export ～を書き込んでください。

>また/opt/local/etc/macports/sources.conf
>を変更するには、CotEditorなどが便利です。sudo viでも構いませんが
>http://sourceforge.jp/projects/coteditor/

とりあえずやれそうなはんいで、
プロキシ経由でmacportsを使う設定をやってみました。
ここのサイトを参考にしました。
http://www.int.otaru-uc.ac.jp/lyx-howto/install/ …
http://ishwt.net/blog/2011/04/05/use-macports-at …

envしたところ、http_proxyは登録されてなさそうでした。
svnは以下のように確認しました。
which svn　入力
/usr/bin/svn　出力

＜プロキシ経由でmacportsを使う設定＞
export http_proxy=http://プロキシサーバー:ポート番号
（別ウィンドウで）
cd /opt/local/var/macports/sources
sudo svn co http://svn.macports.org/repository/macports/trun …
（省略）
これでプロキシ経由のmacportsの設定ができた？？

＜portindex を最新化＞
↑必要かどうかよくわかないが、やってみた。
sudo -f install macports
sudo: illegal option -- f
usage: sudo -h | -K | -k | -L | -V
usage: sudo -v [-AknS] [-g groupname|#gid] [-p prompt] [-u user name|#uid]
usage: sudo -l[l] [-AknS] [-g groupname|#gid] [-p prompt] [-U user name] [-u
user name|#uid] [-g groupname|#gid] [command]
usage: sudo [-AbEHknPS] [-C fd] [-g groupname|#gid] [-p prompt] [-u user
name|#uid] [-g groupname|#gid] [VAR=value] [-i|-s] [<command>]
usage: sudo -e [-AknS] [-C fd] [-g groupname|#gid] [-p prompt] [-u user
name|#uid] file ...

sudo port list
Warning: Can't open index file for source: rsync://rsync.macports.org/release/tarballs/ports.tar
Error: listing all ports failed: No index(es) found! Have you synced your source indexes?
リストされないってことは、まだ問題が？？

＜arbのインストール＞
sudo port install arb
Error: Port arb not found
でインストールできなかったので、次のコマンドを試す。

sudo env http_proxy="http://プロキシサーバー:ポート番号"port install arb
usage: install [-bCcpSsv] [-B suffix] [-f flags] [-g group] [-m mode]
[-o owner] file1 file2
install [-bCcpSsv] [-B suffix] [-f flags] [-g group] [-m mode]
[-o owner] file1 ... fileN directory
install -d [-v] [-g group] [-m mode] [-o owner] directory ...

現状は、こんなかんじです。

補足日時：2012/07/26 17:59

No.4 回答者： kmee 回答日時： 2012/07/19 23:02

ネットワークには繋がってますか?

プロキシ経由でないと外へアクセスできない、とはありませんか?

sudo port -d sync
とすれば、もっと詳しいメッセージが出るはずです。
それで不具合内容を確認してください。

この回答への補足

sudo port -d sync
試してみました。DEBUGやErorがたくさんでてきました。
意味がよくわからないので、対応の方法おしえていただけますか？

sudo port -d sync
Password:
DEBUG: Copying /Users/ユーザー名/Library/Preferences/com.apple.dt.Xcode.plist to /opt/local/var/macports/home/Library/Preferences
---> Updating the ports tree
Synchronizing local ports tree from rsync://rsync.macports.org/release/tarballs/ports.tar
DEBUG: /usr/bin/rsync -rtzv --delete-after rsync://rsync.macports.org/release/tarballs/ports.tar /opt/local/var/macports/sources/rsync.macports.org/release/tarballs
（しばし待ち時間）
rsync: failed to connect to rsync.macports.org: Operation timed out (60)
rsync error: error in socket IO (code 10) at /SourceCache/rsync/rsync-42/rsync/clientserver.c(105) [receiver=2.6.9]
Command failed: /usr/bin/rsync -rtzv --delete-after rsync://rsync.macports.org/release/tarballs/ports.tar /opt/local/var/macports/sources/rsync.macports.org/release/tarballs
Exit code: 10
Error: Synchronization of the local ports tree failed doing rsync
DEBUG: Synchronization of 1 source(s) failed
while executing
"mportsync [array get global_options]"
port sync failed: Synchronization of 1 source(s) failed

補足日時：2012/07/23 15:36

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。
ネットワークににはつながっています。
たしかプロキシ経由の接続だったと思います。
mac miniを使っているので、研究室に据え置きです。
月曜日に提示していただいた内容を確認してみます。

お礼日時：2012/07/21 01:41

No.3 回答者： ki073 回答日時： 2012/07/19 21:56

No.2です。

今MacPortsをインストールしてみました。

$ sudo port selfupdate
---> Updating MacPorts base sources using rsync
MacPorts base version 2.1.1 installed,
MacPorts base version 2.1.1 downloaded.
---> Updating the ports tree
---> MacPorts base is already the latest version
で最初のコマンドは正常ですね。
$ sudo port upgrade installed
Error: No ports matched the given expression
でこのコマンドは変わったのかな。次は
$ sudo port install arb
---> Computing dependencies for arb
---> Dependencies to be installed:
（省略）でインストールを開始しました。

まさかとは思いますが、
which rsync
which port
でどんな出力が出ますか？こちらは、
/usr/bin/rsync
/opt/local/bin/port
となります。

MacBookAir4,1
OS 10.7.4
Xcode 4.3.3
MacPorts 2.1.1(MacPorts-2.1.1-10.7-Lion.pkgでインストール)
です。

この回答への補足

which rsync
which port
と入力すると、回答者さまと同じ出力がでます。
/usr/bin/rsync
/opt/local/bin/port

sudo port selfupdate
だとやっぱろエラーが出てしまいます。
---> Updating MacPorts base sources using rsync
Error: /opt/local/bin/port: port selfupdate failed: Error synchronizing MacPorts sources: command execution failed

補足日時：2012/07/23 15:31

この回答へのお礼

回ありがとうございます。
PCがmac minで研究室に据え置きです。
週末は用事がありますので、
iwhich rsync
which port
でどんな出力が出るかは、月曜に確認してみます。
後日、こちらでほうこくしますので、よろしくおねがいします。

お礼日時：2012/07/21 01:43

No.2 回答者： ki073 回答日時： 2012/07/18 23:29

こんばんは、以前の悪戦苦闘のログがあります。

まず、
sudo port selfupdate
sudo port upgrade installed
sudo port install arb
をやってみてください。
その後、記録をご参考に。
http://oshiete1.nifty.com/qa7027942.html

この回答への補足

添付していただいたログは、質問投稿前に拝見しました。
すでに今回提示してもらったコマンドも試してみましたが、うまくいきません。
以下の通りエラーが出てきてしまいます。

sudo port selfupdate
Password:
---> Updating MacPorts base sources using rsync
Error: /opt/local/bin/port: port selfupdate failed: Error synchronizing MacPorts sources: command execution failed

sudo port upgrade installed
Error: No ports matched the given expression

sudo port install arb
Error: Port arb not found

arbのダウンロードファイルは、ダウンロードフォルダに入ったままです。
解凍はしてあります。arbファイルはどこかに移動した方がいいのですか？

補足日時：2012/07/19 13:06

No.1 回答者： kmee 回答日時： 2012/07/18 23:28

> Error: Port arb not found

これは「arbというPortが見付かりません」と言っています。つまり、arbをインストールしようにもやり方がわからない、ということです。
Macport自体はインストールできています。

MacPortsインストール後、
sudo port sync
は実行しましたか?

Portの情報が揃ってないだけと思われます。

port list
で一覧が出るので、その中にarbはあるかどうか確認してください。
port list arb
port info arb
等でもいいです。

この回答への補足

教えていただいたコマンド試してみました。
残念ながらエラーやら、そんなファイルはないと怒られてしまいました。
以下の通りです。

sudo port sync
---> Updating the ports tree
Error: Synchronization of the local ports tree failed doing rsync
port sync failed: Synchronization of 1 source(s) failed

port list
Warning: Can't open index file for source: rsync://rsync.macports.org/release/tarballs/ports.tar
Error: listing all ports failed: No index(es) found! Have you synced your source indexes?
(port list arb でも同様返答がでます。）

port info arb
Error: Port arb not found

補足日時：2012/07/19 13:12