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自分でスクリプトを書いて実行するのが一番簡単です。
伝統的にこの手の処理に強い perl を使う例:
perl -i -p -e 's/[A-Z]/lc($&)/eg' あるディレクト/*.txt
参考
http://perldoc.jp/docs/perl/5.8.4/perlrun.pod
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