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No.2
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私もよく同じことをしています。
使用しているのはmac OSX 10.5ですが、
ターミナルの"cat"コマンドで全部つなげてしまいます。
例えばgenesというディレクトリにfastaファイルをまとめてあって、
結果をmerge.fastaという名前にするなら
cd genes
cat *.fasta > merge.fasta
とコマンドするだけです。
linux系でも使えます。
変な言い方ですが、
fastaファイルがちゃんとfasta形式であれば、
( >で遺伝子名、改行、配列、//でおわり)
系統解析などその後の処理にも問題ありません。
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