AutoDockについて

AutoDockという生体分子のドッキングシミュレータを使い始めようとおもっています。
AutoDock使用マニュアル（http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/chem/IMCB-8ken-HP/L …）
に従って行っていたのですが、

4-2) ダウンロードした共結晶のファイルからタンパク質 (PPARα) のみのファイルと
リガンド (TIPP-703) のみのファイルを作成する

というところで行き詰まりました。
そもそもPDBファイルにはタンパク質の情報だけでなくリガンドや周囲の水分子の情報も含まれているのでしょうか？
もしそうならば、どうすれば水分子だけ、タンパク質だけ、リガンドだけ、の情報を消去することが出来るのでしょうか？

ちなみにMacを使っており、ViewProは使えません。
おすすめのソフトがあれば教えて頂きたいですし、直接PDBファイルを編集する方法があれば教えて頂きたいです。

No.1 回答者： ki073 回答日時： 2014/09/09 12:00

PDBファイルの中身はテキストですのでテキストエディタで編集することができます。

標準で入っている「テキストエディット」でも可能ですが、CotEditorをお勧めします。
http://coteditor.github.io/
OSXのバージョンが10.7以前でしたら、
https://github.com/coteditor/CotEditor/releases
この中から探してください。

構造を表示させながら編集をしたいでしたら、
VMD
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
をお勧めします。かなり高度な機能を持っています。

ちょっとお手軽にというでしたら
iMol
http://www.pirx.com/iMol/index.shtml
簡単な編集もできます。このソフト2007年製ですが、最新のOSでも動きます。

このあたりが便利だと思います。