IEの謎のセキュリティ警告について教えてください

現在私はWindows8.1、IE11を使用してますが、IEブラウザで、文字入力しようとすると、

『「webサイトでこのプログラムを使って、webコンテンツを開こうとしています。
このプログラムは保護モードの外で開かれます。インターネットエクスプロー
ラーの保護モードはお使いのコンピューターを保護するのに役立ちます。こ
のWebサイトを信頼しない場合は、このプログラムを開かないでください。」

名前：Microsoft Windows
発行元：Microsoft Windows

□今後、このプログラムに関する警告を表示しない
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　許可する　許可しない　』


・・・というIEのセキュリティ警告が度々出現します。

このセキュリティ警告が出現する理由は何でしょうか？
また、「今後このプログラムに関する警告を表示しない」にチェックを入れ、「許可する」を選択しても問題ないでしょうか？

No.2 ベストアンサー 回答者： narashingo 回答日時： 2014/10/17 19:54

次のようなFAQなどを見ると、信頼するサイトやMicrosoftのIMEを使用でしたら、許可して問題ないと思いますよ。

（Webサイトで、このプログラムを使ってwebコンテンツを開こうとしています )
http://answers.microsoft.com/ja-jp/ie/forum/ie10 …
（WEBサイトで、このプログラムを使ってWEBコンテンツを開こうとしています)
http://furry2011.blog.fc2.com/blog-entry-1947.html

No.1 回答者： te2kun 回答日時： 2014/10/17 19:43

http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1405/16/n …