pBluescript SK+の全塩基配列はデータベースに登録されているのでしょうか?
どなたかご存じでしたら教えて下さい。
サブクローニングに必要なもので・・・

A 回答 (1件)

データーベースにはありませんが


米国のサイトには必ず載っています。
一般に
www.yahoo.comで 名前を入れるとヒットします

以下のサイトに載っていました。
http://www.stratagene.com/vectors/selection/plas …
参考にされて下さい
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この回答へのお礼

ありがとうございました。

お礼日時:2001/09/05 09:51

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Qクローニングとサブクローニング(長文になってしまいました)

植物を実験材料として扱っているのですが、植物からある特定の遺伝子を単離して、発現ベクターへ組み込む際、RT-PCR等でまずその特定の遺伝子を単離したとします。

この単離した遺伝子をまずpUC119等のベクターに組み込んでシークエンス解析を行い、配列が正しいか確認します。

シークエンス解析をし、あたりの配列をまた切り出して、発現ベクターへ組み込みます。

この作業において、僕は今までそれぞれここの作業はクローニング、実験系全体を見ると、pUC119に導入するのはサブクローニングで、発現ベクターに導入するのがクローニングだと思っていたのですが、どうも違うようなのです。

どなたかこの2つの言葉の違いをはっきりとした定義を教えていただけないでしょうか?(まわりくどい説明で申し訳ありません)

Aベストアンサー

遺伝子等の「クローニング」を小難しく言えば、ゲノムDNAやcDNAを増殖可能なベクター・宿主系に組込み、特定の配列を持つものを得るということになるでしょう。
サブクローニングもクローニングの内です。

サブクローニングとは、クローニングのなかでも特に、いったんクローニングした配列の中から、一部の断片(sub-fragment)を二次的にクローニングすることです。
たとえば、BACやファージをベクターとしたゲノムライブラリーから、目的の領域を含むものを単離した後、その中から必要な断片だけをプラスミドベクターにクローニングし直すときに「サブクローニング」と言います。

一方、ご質問の例のように、クローニングされている断片の全長を別のベクターに入れ直すのは、「リクローニング recloning」という語を使い、サブクローニングとは言わないと思います。

Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
(3)では Leu/His/Tyr/Thr
というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

また、この塩基配列にはなかったのですが
開始コドン(AUG)や終止コドン(UAA,UAG,UGA)が配列にあったなら答えはどうなるんでしょうか?

たとえばAUAUGCAUUGACACAUとします。
AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
この切り方だと翻訳はAUGからUGAでとまるのでUGA以下のCACは無視するのでしょうか?
つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
次に終始コドンがある読み枠にあったとすると,「コード領域内」という設問に反するため,その読み枠は考慮しなくて好いことになるかと思います。

もっとも,出題者が本当にそういうつもりかどうかまではわかりませんが。

Q塩基配列の登録

ある生物のmtDNAの全塩基配列をシーケンサーで解析したとして、その配列をデーターベースにはすぐには登録できなようなことを聞きました。解析後にさらに何か必要なのでしょうか。ちょっと疑問に思ったもので・・・。

Aベストアンサー

もしも不正確な塩基配列データをじゃんじゃんデータベースに登録できたら、世界中のデータベース利用者が迷惑する可能性がありますからね。ご存じかもしれませんが、

http://www.ddbj.nig.ac.jp/submission-j.html

はいかがでしょうか?


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