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No.1
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わたしは,
http://hp.vector.co.jp/authors/VA007663/
の「Plots32」を愛用しています。フリーソフトウェアです。
質問者様のご所望の 100 万点のデータのプロットはさすがにやったことはありませんが,仕様上データ点数は「制限なし」となっています。
フリーソフトウェアで,レジストリも触りませんので(設定ファイルが少しわかりづらいところに生成されます〈ヘルプをご覧ください;OS によって生成される場所が異なります〉;アンインストール時にはこのファイルを削除すれば結構です),とりあえずお試しになってはいかがでしょうか。
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