塩基配列の同一性（％）を計算したい

いまはWinのフリーソフトBioeditを使ってシークエンスの並べ替えをしています。

いくつかの塩基配列同士の同一性（identity）の計算をしたいのですが、いくらいじってもそれらしきものが計算できません。
相同性でネットを検索するとBLASTとかそういう結果しか出なくて、同一性で検索すると双子の同一性とかしか見つけられなくて困っています。

ひとつだけBioeditでそれらしきものとしてidentity matrixという表がでて（まるで総当たり戦のような表）が出ましたが、数値が0.280とか0.180とかで、この数値の意味も分からなく使えません。

どなたか
bioeidtで同一性の算出方法をご存知の方教えてください。
または、ネットで（配列を送ったら）計算できる場所をご存知のかた教えてください。

No.1 ベストアンサー 回答者： cilantro 回答日時： 2007/04/12 20:29

bioeditは使用したことがないので分かりませんが、参考リンク先でBLASTエンジンを用いてウェブ上でアラインメントを作れます。

その際にIdentityも計算してくれます。

参考URL：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2 …