fasta形式のファイルのまとめ方について

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質問者：tattsunfu
質問日時：2008/08/19 15:32
回答数：2件

数百あるfasta形式のファイルの情報をひとつのファイルにまとめるにはどうすれば良いですか？

ご教授お願い致します。

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回答 (2件)

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No.2

回答者： oil-sour
回答日時：2008/08/20 09:25

私もよく同じことをしています。

使用しているのはmac OSX 10.5ですが、
ターミナルの"cat"コマンドで全部つなげてしまいます。

例えばgenesというディレクトリにfastaファイルをまとめてあって、
結果をmerge.fastaという名前にするなら

cd genes
cat *.fasta > merge.fasta

とコマンドするだけです。
linux系でも使えます。

変な言い方ですが、
fastaファイルがちゃんとfasta形式であれば、
( >で遺伝子名、改行、配列、//でおわり）
系統解析などその後の処理にも問題ありません。