debian linuxでUSB接続したHDDの速度が大きく変化する（遅い）

KuroboxHG（玄箱HG）にDebian linux jessieをインストールして使用しています。(Kernel3.16.7）
新しく3TBのUSBハードディスクを使って、partedで3TBのgptパーティションをつくり、ext3でフォーマットしました。バックアップ用にもう1台購入して同様に接続しました。
ただ、接続するタイミング？によって大きく速度が変化します。
# hdparm -t /dev/sd?
で速度測定しています。
早い時は25MB/sくらい出るのですが、1MB/sくらいまで落ちてしまうこともあります。
リブートすると改善することがあります。
hdparmではUSBハードディスクの設定はできないようでした。

原因・対処方法が分かりましたら教えて頂けると助かります。

質問者からの補足コメント

• 

  ご回答ありがとうございます。
  
  遅いとき（1Mbps程度の時も）
  # lsusb -t
  /: Bus 01.Port 1: Dev 1, Class=root_hub, Driver=ehci-pci/5p, 480M
  |__ Port 1: Dev 2, If 0, Class=Mass Storage, Driver=usb-storage, 480M
  |__ Port 2: Dev 3, If 0, Class=Mass Storage, Driver=usb-storage, 480M
  となっていて、どちらもUSB2モードでつながっているようです。
  
  それでも遅いので悩んでおります。

  No.1の回答に寄せられた補足コメントです。 補足日時：2017/02/14 16:08

No.1 回答者： usa3usa 回答日時： 2017/02/13 21:16

>早い時は25MB/sくらい出るのですが、1MB/sくらいまで落ちて

現象から推測するに、
　速いときは、USB2で接続され、
　遅いときはUSB１で接続されている
のだと思います。

>原因・対処方法が分かりましたら教えて頂けると助かります。
具体的な手法はわかりませんが、USB1と認識された場合、USB２に再認識させればよいと思います。