いつもお世話になっております。
関連の本を読みましたが、よく分からなかった部分がありました。いくつか教えて下さい。
1. ゲノム配列を決定する際に用いるショットガン法では、ランダムに切断した断片をベクターに導入し、ベクターの既知配列部分をプライマーとして挿入断片の両端から配列決定していき、他の断片との重複から元のゲノム配列を決定する‥‥ことでしょうか。とすると、重複部分を生むために、もとのゲノムDNAは複数用いているのでしょうか?あるいは、ある一個のゲノムに対して、断片化から配列決定までの作業を行い、再度同じ作業を行なっているのでしょうか?
また重複領域がみつからないと断片のつながりが分からないし、かと言って重複ばかりでは全体が見えないという点で、素人ながら効率が悪いようにも感じてしまいます。
2. cDNAの操作について
精製タンパク断片のアミノ酸配列からオリゴヌクレオチドプローブを作り、cDNAをスクリーニングして、精製タンパクの断片からプライマーを設計してPCRする例が私の教科書にはあるのですが‥‥スクリーニングできたcDNA入りベクターの既知配列(MCS?)をプライマーに使ってPCRするという方法は間違いなのでしょうか?
基本事項ばかりですいません。プロトコールのサイトや本をご存知の方、あるいは一部の回答でもかまいませんので、教えて下さい。
No.1ベストアンサー
- 回答日時:
1のご質問に答えて、
ゲノムDNAといった場合、1コピーというわけではないことはわかりますよね。生物から抽出するのですから、大雑把にいって、そこに含まれている核の数だけ(二倍体ならさらに倍)のコピー数があるわけです。仮に2 マイクログラムのヒトゲノムDNAから、ゲノムライブラリーをつくるとします。ヒトのゲノムサイズが約3 Gb、分子量が約2 x 10の12乗ですから、2 マイクログラムは1 x 10のマイナス18乗mol、これにアボガドロ数をかけて、ざっと10万コピー以上のゲノムDNAがふくまれていることになります。これを酵素や超音波でランダムに切断するので、ずべてのコピーが同じところで切れるということはまずないのです。ですから、よっぽどのことがない限り、かならずオーバーラップはとれるのです。
ゲノムプロジェクトで、ショットガンをやる場合、読んだ全塩基数がゲノムサイズの2-3倍、ときには10倍くらいになるようにします。ヒトゲノムでいうなら最低でも10 Gb分くらい読むのを目標にします。そうすることで、ランダムなDNA断片を読んだとしても、一度も読めなかった領域というのがきわめて少なくなるのです。
また、真核生物のゲノムサイズは大きいので、いきなりショットガンでシークエンスはしません。まずゲノム全体をカバーするBAC, Cosmidを用意して、それらをそれぞれショットガンシークエンスすることで、サンプリングの偏りが少なくなるようにしています。
ありがとうございます!
ゲノム配列決定で用いられたショットガン法は、染色体歩行などのようにプローブを用いて既知配列を繋げていくのではないのですね。とにかく多くの配列を読んで繋げるという方法は、たしかに自動化にも向いているように感じました。DNA濃度からコピー数を計算する例も勉強になりました!ありがとうございました。
No.2
- 回答日時:
2のご質問について
タンパク質の分析をスタートにして、cDNAのクローニングをするための2つの異なる戦法について記述しているのだと思います。すなわち、
1.アミノ酸配列から、オリゴDNAプローブを設計して、cDNAライブラリーをハイブリダイゼイションでスクリーニングする(PCR普及以前によく行われていた)。
2. アミノ酸配列から、PCRプライマーを設計して、RT-PCRをする(こうして得られたcDNAは、全長のうちごく一部分なので、さらに、これをプローブにしてライブラリーをスクリーニングしたり、RACEをして全長をとる。PCR普及後はこっちの方がポピュラー)。
そのほかにも、精製したタンパク質で抗体をつくり、発現ライブラリーを抗体反応でスクリーニングする方法もありますね。
蛇足ですが、ベクターにクローニングしたDNAをシークエンスするときは、MCSの数十塩基そとがわの配列に対応するプライマーをつかいます。
丁寧にお答えいただきありがとうございました。
色々な方法があるのですね。RT-PCRやRACEについても勉強になりました。ここであのホットスタートなんだぁとか本を見ながら納得してしまいました。ありがとうございました☆
お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!
似たような質問が見つかりました
- Excel(エクセル) ExcelVBAでリストの項目に必要数と同じ手配数を分配していくマクロを作りたいです。 1 2022/07/29 18:36
- 生物学 シャトルベクターの大腸菌への形質転換 1 2022/07/02 23:19
- PHP 配列の値の更新方法について 1 2022/08/05 09:49
- 電気・ガス・水道業 スイッチボックス内の電線確認 3 2022/11/20 10:03
- Ruby 初心者プログラミング 3 2022/10/12 11:31
- 生物学 塩基配列を解析する意味は? 1 2023/02/02 00:51
- Visual Basic(VBA) 複数ファイルのデータの統合について 12 2022/05/14 12:03
- Excel(エクセル) PowerQueryに詳しい方教えてください(Office365) 1 2022/07/24 21:11
- Visual Basic(VBA) Vba 配列の中の特定文字列の位置の調べ方 9 2022/05/23 17:46
- Excel(エクセル) 重複しているか否かをソートせずに判断する方法ありますか? 2 2022/07/06 21:16
おすすめ情報
デイリーランキングこのカテゴリの人気デイリーQ&Aランキング
-
DNA
-
PCRの 5’・3’ が分からず困っ...
-
遺伝子操作
-
ハイブリダイゼーションとアニール
-
系統樹の読み方について
-
突然変異(転座・逆位・欠失・...
-
2つのシークエンスによる結果の...
-
コドンとトリプレットの違いに...
-
アミノ酸配列からの逆翻訳プロ...
-
フィボナッチ数列と生物
-
真核生物のコザック配列について
-
HBVの「マイナス鎖」と「プラス...
-
ポリヌクレオチド鎖とヌクレオ...
-
DNA塩基配列から推定されるアミ...
-
PCRプライマーへの制限酵素配列...
-
ヒトのGC含有率はいくらですか?
-
塩基配列を解析する意味は?
-
生物の問題です。 「一本鎖切断...
-
DNA
-
DNAとRNAのどのような性質に違...
マンスリーランキングこのカテゴリの人気マンスリーQ&Aランキング
-
cos末端とは何ですか?DNAの端...
-
系統樹の読み方について
-
2つのシークエンスによる結果の...
-
DNA断片のシークエンス結果の読...
-
Poly(IC)とは
-
DNA
-
遺伝子操作
-
Primer3のLeftとRightの方向
-
DNA塩基配列から推定されるアミ...
-
DNAとRNAのどのような性質に違...
-
poly-Aとは
-
アリル特異的PCR法の原理を教え...
-
生化学に関して
-
一本鎖核酸のモル吸光係数の算出
-
卒論で遺伝子配列とアミノ酸配...
-
HBVの「マイナス鎖」と「プラス...
-
cDNA産物は1本鎖ですか?
-
Blastにおける用語
-
Shine-Dalgarno...
-
PCRの 5’・3’ が分からず困っ...
おすすめ情報