火鉢の水槽の睡蓮の根に付いた藻のような物は・・

火鉢に水を入れて、メダカを飼っています。
火鉢は2年くらい掃除もしていません。

2ヶ月くらい前から、水が腐る様になって、
先日火鉢を洗い、睡蓮を取りだしました。

取り出した、睡蓮の根に纏わり付いている黒い藻のような物があり、少し匂いもあった様に思います。
やむなく、睡蓮は処分しましたが、また睡蓮を入れようかと思いますが・・・
（黒い物は根のようには思えませんでした）

注意点等有ればアドバイス頂けないでしょうか。