塩基配列の比較を出来る無料ウェブツール、ないでしょうか？

約2000bpのDNA配列に対して、20bpほどの配列が含まれているかを調べたいと思っています。
NCBIのBLAST 2 SEQUENCESを試してみましたが、パラメータの設定が良くないのか、両者の塩基数が極端に違うためか、うまくアライメントされません。
ギャップを入れてアライメントしてくれる無料のウェブツールやウェブページがあれば、お教え下さい。

No.1 回答者： bzxjpjp 回答日時： 2006/02/08 16:56

clustalwは使えませんか？

参考URL：http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/clustalw-j.html

この回答へのお礼

お礼が遅くなり申し訳ありません。
こちらで相談させて頂く前にclustalwを使ってみたところ、うまくいかなかったのですが、再度試したらうまくいきました。コンピューターの問題だったようです。
ありがとうございました。

お礼日時：2006/03/20 03:03

No.2 ベストアンサー 回答者： geneticist12 回答日時： 2006/02/08 18:03

これなんかどうですか。

参考URL：http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html

この回答へのお礼

geneticist12さん、ありがとうございました。初めてみるサイトでした。さっそく使わせて頂いたのですが、とても使いやすかったです。

お礼日時：2006/03/20 02:54