現在酵素の基質認識機構を研究する手法としてどんなやり方が主流
になっているのでしょうか?私の中では立体構造解析、変異導入が
思い浮かぶのですが他にどんな手法が用いられているのでしょうか?
また上記に挙げた2つの手法についても詳しく教えていただけたら嬉しいです。
特に目的の酵素遺伝子をクローニングした後について教えてください。

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A 回答 (2件)

この手のご質問を何度かされているようですが、


共通する趣旨は何でしょうか?
それが分かると回答もしやすいのですけど。

他の方法としては、ドメインで切ったフラグメントを使用する方法も
あります。
また、分解酵素で、部分分解を行い、そこに基質をあたえ、結合部位を
同定していく方法もあります。

どれが主流かというお話ですが、どちらかというと、物理系、生化学系、
遺伝子系と立場が違うだけのような気もします。

立体構造解析はあつかったことはないのでなんともいえません。
ただ、同じラボで試料を調製している人は、精製に苦しんでました。
また、やはりミューテーションを入れて、構造を比較するようなことも
していました。

クローニングのあとですと、まずは活性のチェックからはじめて、
すでに他の種である程度情報があるならそれのチェックをしますし、
ホモロジーサーチでめぼしいドメインがあれば、そこを潰す。

書いていると多分きりがないので、遺伝子のクローニングの論文
など山ほどあるのでそれを読まれたらと思います。
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この回答へのお礼

ありがとうございました。分解酵素で、部分分解を行い、そこに基質をあたえ、結合部位を同定していく方法もあるんですね。上は全部私の・・・???

お礼日時:2002/02/09 00:02

回答がつかないようですので参考ページをあげさせて頂きます。



http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=176607
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=154733
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=149155
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=144425
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=105350
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=103054
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=83493
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=76030
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=53466

良回答がなかったり、ご意見なしで締め切られたりしていますので
あまりよい参考ページではないかもしれませんが、
一つでもご参考になれば幸いです。
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また、大抵の場合特異的基質中の正の荷電の近傍には負に荷電した残基があり、基質の水素結合の水素供与体の受け皿として酵素の水素受容体が用意され、基質の疎水性部分には疎水性の残基が来る…etc

つまり、ポケット(結合部位)と形状が一致し、各相互作用が理想的に利いてくるような基質でなければ、酵素と結合できないというわけです。

こんな感じでどうでしょうか?

Q酵素と基質の反応速度

参考書に「基質濃度も酵素濃度も、一方が他方に対して過剰になると、反応速度は増大しなくなる」とありました。
基質濃度が過剰になった場合は、酵素が限られている為、反応速度が増大しなくなるというのはわかります。しかし酵素濃度が過剰の場合ですが、酵素は多くなればなるほど反応速度は増大するのではないでしょうか?
宜しくお願いします。

Aベストアンサー

反応速度論的には反応速度と酵素量は比例します。しかしあくまで論理的にであって「基質1μgに対して酵素を10g入れても20g入れても大して変わらない、というか変化を観測できない」というような意味で書いているのでは?少なくとも多くの酵素では、現実的な量で実験すれば酵素量と反応速度は間違いなく比例します。
ですから、基質濃度過剰と酵素濃度過剰を同一に扱っているのは少しおかしいと思いますね。
ただし、
「基質濃度が過剰になった場合は、酵素が限られている為、反応速度が増大しなくなる」
これは「酵素が限られているから」というよりも、基質+酵素←複合体の速度よりも複合体→生成物+酵素の反応が遥かに遅いから、と捉えた方が妥当かと思います。まあ突き詰めていけば同じことなんですが。

Q酵素と基質の結合について。

ここのカテゴリーの何個か前に同じような質問を
したんですが、(以下参照)
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=479627
似てて申し訳ないのですがいまいちどお願いします。

酵素と基質の結合について詳しく解説している
サイトがあったら教えてください。

酵素と基質が、水素結合・疎水結合・イオン結合などで
どのように結合するのかを詳しく知りたいのです。

あまり重要な部分ではないのか、
昨日夜と今日の午後をひたすらこれを調べるために、
学校にある本やパソコンをフル稼働させてがんばって
みましたが見つけられず、とうとう泣きが入ってしまいました。
何度もの質問お許しください。

Aベストアンサー

酵素によって違うのでしょうが、googleにて「酵素 基質 水素結合」で検索してβアミラーゼについて述べているページは見つかりました。

参考URL:http://www.glycoforum.gr.jp/science/word/saccharide/SA-B04J.html

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>酵素が一定で基質を何十倍にもいれても最終的には結合数に限りが出るのでV_maxは一定値になるという考えで正しいとした


基質濃度が十分な場合はそのとおりですが、
基質濃度が低い場合、反応速度はV_maxに至りません。
このため、その正誤問題の正解は「誤」になります。

参考例:下記リンクの一番最初のグラフ(基質濃度と反応速度)
http://www.soarer.hoken.med.yamaguchi-u.ac.jp/Wiki/?%B9%DA%C1%C7%B3%E8%C0%AD


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