扶養控除の外し忘れについて

前職を辞め、H.24.6月から今の会社に勤め始め、親の扶養控除を希望しました。しかし、給与の少なさから首が回らなくなり、一ヶ月後には親がフルタイムでパートを始め、控除対象外になりました。当時は、税や手続き等に大変疎いもので、外す手続きを会社に連絡する必要があると知らず、その年の年末調整の書類には扶養控除の欄は空欄で提出しました。
月日は流れ、入社してから3回目の年末調整の時期が来ました。例年のごとく今年も扶養控除の欄は空欄で提出しました。
すると、人事の方から連絡があり親のH.24.25.26分の源泉徴収または非課税証明書を提出して欲しいと言われ、提出して事は済みました。

3年経った今に何故こういう連絡が来たのか、腑に落ちません。
最低でも25年の時点で税務署から連絡が来るべきではないですかね。人事の方にそう聞いても、はっきりした事はわからない様で、腑に落ちぬです。
何故、手続きが25年時点の年末調整でなく26年である事にはどういう理由が考えられますか。

No.2 回答者： lindberg 回答日時： 2016/01/04 11:01

たまたま、税務署職員の目に触れた（発覚）のでしょう・・・。

また、勤務先の人員規模が不明ですが、事務担当者が「扶養控除の欄」とパソコン登録内容との
チェックをせず、『外す手続きを会社に連絡する必要がある』書類により処理を行っていれば有
り得るのでは・・・？
（合わせて、15様自身にも源泉徴収票が毎年交付されている筈ですので、一応、目を通されるこ
とをお勧め致します。）

No.1 回答者： mukaiyama 回答日時： 2016/01/04 10:58

＞3年経った今に何故こういう連絡が来たのか、腑に落ちません…

悪質でない場合、税金の時効は 5年です。
(悪質なら 7年)
過去 5年以内の税務申告に不審な点が見つかれば、おたずねが来るのは当然のことです。

しかし、

＞外す手続きを会社に連絡する必要があると知らず…

年末調整が近づいた時期に出す「扶養控除等異動申告書」がその役目を果たします。

＞その年の年末調整の書類には扶養控除の欄は空欄で…

空欄のまま提出するということは、扶養控除を取らないという意思表示ですが、会社が勝手に書き込んだのですか。
その年の源泉徴収票
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/hot …
で「所得控除の額の合計額」
欄の数字は、扶養控除 38万円を含んだ数字になっていたのですか。

「控除対象扶養親族の数」欄に母の分も含まれた数字が入っていたのですか。

＞人事の方から連絡があり親のH.24.25.26分の源泉徴収または…

話がよく分かりませんけど、該当の年で扶養控除を取ったのか取らなかったのか、取らなかったのなら税務署から何か言われることはあり得ません。
会社独自の判断で言ってきたのなら、それは税金とは関係ない別の話になります。

＞最低でも25年の時点で税務署から連絡が来るべきではないですかね…

税金に関する話で間違いなければ、前述のとおり。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm