DNA相同性試験とはどういうものなのでしょうか?DNAの相同性を利用するものだと思うのですが・・・どのような原理を元にこの試験は行われているのでしょうか?
また、この試験にはビオチン標識したプローブを用いるとあるのですが、プローブにはどういう化合物を用いるのでしょうか?
どなたかご教授ください。

A 回答 (2件)

まず最初に私は表題の実験をやったことがないので、間違いもあるかもしれません。

予めご了承ください。
ビオチンラベルについては、蛍光標識したアビジンで検出するのだと思います。
DNA配列のアニーリングについては、ご指摘の通り同一の配列は二本鎖にならず、相補鎖(A-T,G-Cという関係の相方の鎖です)がアニーリングします。ただ、生物のゲノムDNAは二本鎖であるので、プレートに固定する一本鎖DNAはどちら側の鎖でも問題ありません.
    • good
    • 0
この回答へのお礼

丁寧な回答でよく分かりました。ありがとうございます。アニーリングという言葉は始めて聞きました。勉強になりました。

お礼日時:2005/04/12 17:07

DNA相同性試験という用語はおそらく細菌をやっている人以外はあまり使わないと思うので、そのつもりで書きます。

最も基本的にはシークエンスで配列を読んで比較することですが、ビオチンラベルが出てきてるということから、マイクロプレートを使った方法だと思います。基準となる菌のDNAを一本鎖にしてからマイクロプレートに固定。次に比較したい菌のDNAを抽出・精製し、一本鎖にしてからこのDNAにビオチンを付加してプローブにするのです。そこで二本鎖になったものが相同性の高い物ですので、二本鎖を形成したものをビオチンで検出します。このようにして、二本鎖を多く作る物が相同性が高いという判断だと思います。

この回答への補足

回答ありがとうございます。生物は詳しくないので大変参考になります。
相同性の高いDNA同士は2本鎖を形成するということですが、それぞれのDNAは塩基配列が全く同じというわけではなく、A→T、G→Cの関係で一方がAの部分には相手のTの部分が結合するのでしょうか?
あと、ビオチンで検出するとありますが、(蛍光や酵素?)などで標識したアビジンを結合させて検出したりするのでしょうか?
質問ばかりですみませんm(__)m

補足日時:2005/04/12 14:49
    • good
    • 0

お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!

このQ&Aを見た人が検索しているワード

このQ&Aと関連する良く見られている質問

Qなぜ横浜モバゲーベイスターズにしなかったのか

ベイスターズがTBSからモバゲーを運営しているDeNAに親会社が移ったわけですがチーム名が「横浜DeNAベイスターズ」というのがなんか頂けないなと思います。まだまだ「DeNAって何?」って思う方々がいると思いますしね。なぜ社名を「モバゲー」に改称し「横浜モバゲーベイスターズ」にしなかったのでしょうか?

Aベストアンサー

ナベツネが「社名をあわてて 『モバゲー』と名前を変えて、球団を持てばいいだろうと考えるのは絶対の間違い。 企業の売名という条項にバッチリぶつかるんだよ。」と発言したことで、これに同調する球団が出てきたためです。このままではオーナー会議で承認されず参入すらできなくなるからモバゲーにできなかったのです。

「条項」とは野球協約32条に基づく非公開の内規で、ナベツネがいうには「球団経営の努力をしないまま、 売名行為のためにその球団を買おうとする場合、加盟を許さないということ」「そういう小細工でやったらね、なんとかラーメンとか、なんとかあんパンとか いう名前で、なんでも登録できることになっちゃうんだよ、商品名で」といったそうで。売名というより商品宣伝といったとも言われていますが。

要は今年の6月に社名変更しても後付はダメよということで、とりあえず今年はDeNAでいくそうですが、DeNAは近い将来社名変更する可能性(早ければ最初に言ってた6月?)もあるので、仮に変更したらその次の年から球団名も、ということも考えているかもしれませんね。しかし社名を変更するには結構大変で、広告などお金も莫大にかかるのでやるかはまだわかりませんね、

ナベツネが「社名をあわてて 『モバゲー』と名前を変えて、球団を持てばいいだろうと考えるのは絶対の間違い。 企業の売名という条項にバッチリぶつかるんだよ。」と発言したことで、これに同調する球団が出てきたためです。このままではオーナー会議で承認されず参入すらできなくなるからモバゲーにできなかったのです。

「条項」とは野球協約32条に基づく非公開の内規で、ナベツネがいうには「球団経営の努力をしないまま、 売名行為のためにその球団を買おうとする場合、加盟を許さないということ」「そうい...続きを読む

Qビオチン標識について

プローブを作る際にPCRにかけて増幅させた後、泳動させて増幅確認をしているのですが、ビオチンを付けていない物とバンドに差が出ません。これってビオチンがうまく標識されてないって事ですよね?試薬なども変えてみたのですが、やっぱりうまくいきません。あとはビオチンしか思いつかないのですが、使用期限みたいなものはあるのでしょうか? また、他に考えられる原因、アドバイスなどがあったら教えて頂きたいです。
 わかりにくい質問で申し訳ありません。

Aベストアンサー

正確な答えを出すのに情報が少なすぎますが、答えられる範囲でお答えします。

ビオチン標識プライマーを用いてPCRを行った場合、その断片とそうでないものはアガロースゲルで差は見えません。電気泳動によりその差をみたいなら、ロングサイズ(40cm)ぐらいのアクリルアミドで電気泳動しないとダメです。

プライマー標識の場合はPCRのバンドが増えていれば、
まず問題なく標識されています。それを、はっきり確認したいならストレプトアビジンとプローブを混ぜて未変性状態でアガロースゲルに流してください。ビオチン標識が入っていればPCRのバンドが大きくシフトします。

条件は0.8%アガロース(0.5x TBE)で50Vでゆっくり流します。ローディングバッファーとしてグリセロールが終濃度で10%になるように加えます。ダイは加え影響がでるかもしれないので、加えないほうが良いかもしれません。

二本鎖状態で流せばエチブロで検出可能です。ストレプトアビジンのプラスとマイナスで流せば差がはっきりみえるはずです。

Q横浜ベイスターズ

横浜ベイスターズのグッズが販売されている、
「ザ・ベイスターズ」というお店があるそうですが
オンラインショップもありますか??
あるならアドレスを教えてください。

Aベストアンサー

ザ・ベイスターズのオンラインショップならここです。
http://www.baystars-shop.jp/index.html

参考までに、店舗も有り、横浜スタジアムでナイターがある日は
22時頃まで営業しているそうです。

参考URL:http://www.baystars-shop.jp/index.html

QDNAプローブの長さとは?

ヒトゲノム中(30億bp)でランダム配列と仮定した場合、ある特定の配列(長さn塩基)が2度出現する確率が100分の1以下になるには

n≧□塩基

このようなほぼ確率の問題なのですが、nが何塩基以上でこの確率の条件を満たすのか求める問題です。

式などを含めた求め方が、わかる方がいましたら教えてください。

(ちなみに答えは16or17塩基程度になるそうです)

Aベストアンサー

”ある特定の配列”がポイントですが、適当に選んだ任意の配列という意味で考えてみましょう。
 
 確率=4^(-n)=pとして, 試行回数=3.0x10^9=N (厳密には、1塩基づつずらしていくと、n-1だけ短くなりますが、nは高々2桁程度の数値なので無視しましょう)とします。
 この条件で、ある特定の配列が、Nの試行で2回(丁度2回ですよ)出てくる確率Pは、
  P=NC2*p^2*(1-p)^(N-2) になります。
ただし、NC2はNこから2個とる組合せの数(NC2=N(N-1)/2)です。
つまり、N本のくじから、2本があたりで、残りN-2本がはずれである確率を求めるわけです。
これで、計算してごらんなさい。

Q横浜ベイスターズを強くする方法

横浜ベイスターズを強くする方法

セリーグのみならず日本プロ野球のお荷物になりかけている
横浜ベイスターズ。今後この球団を優勝させるかせめて
クライマックスシリーズ出場くらいまで勝たせるには
どうしたらよいでしょう

Aベストアンサー

大魔神のいた頃は強かったんですがねぇ。。

私の住んでいる地方は、大魔神、斎藤(隆)、新沼等々ベィスターズで活躍している(活躍した)選手が多くいるので親しみがあります。


チーム力の基本はやっぱり守備からで、まずは投手陣の整備。いろいろと補強などもしているのですが、どうもベィスターズでそのまま活躍する選手は少ないですね。
挙げ句の果てには監督さんも「補強?」したのですが、今のところ成果は見えていません。

また、他の球団と比べて「生抜き」で成長株といった選手も少ないように感じますので、どうもこのあたりに問題があるのでと思います。

つまり、選手を獲得するまでは「同じレベル」でもその後の育成や起用法が上手くいっていないのではないでしょうか。

プロへ入るくらいの選手ですので、入団するまでの技術力などは他の球団と比べて大差はあるはずがありません。

そこからの問題で、技術育成などは人それぞれなので知る由もありませんが、どうも「闘う気持ち」「がんばれば一軍で活躍できる」といった雰囲気づくり、それらが感じられないのが選手個々の「向上心」を引き出せていないのではないでしょうか。

私の地方のプロ野球チームからすれば歴史があって優勝経験もあるベィスターズはとても羨ましく思います。強かったあの頃の「昔話」が出来るのは何事にも変えられない財産です。

あとは現在・未来のチーム作りを応援してみては如何でしょうか。

大魔神のいた頃は強かったんですがねぇ。。

私の住んでいる地方は、大魔神、斎藤(隆)、新沼等々ベィスターズで活躍している(活躍した)選手が多くいるので親しみがあります。


チーム力の基本はやっぱり守備からで、まずは投手陣の整備。いろいろと補強などもしているのですが、どうもベィスターズでそのまま活躍する選手は少ないですね。
挙げ句の果てには監督さんも「補強?」したのですが、今のところ成果は見えていません。

また、他の球団と比べて「生抜き」で成長株といった選手も少ないように感じま...続きを読む

QDNAプローブの作り方

初めてサザン法を行い、またそれに使うDNAプローブをPCR産物から作るのですが、疑問があります。

(1)DNAを一本鎖にするために、熱変性し、キットを用いて標識するのは分かるのですが、それを氷上において一本鎖に保ちます。それを、ブロッティングしたメンブランにアプライするわけですが、いくら一本鎖にしたといえ、プローブ同士が二本鎖になることはないのでしょうか?

(2)上記のようにPCR産物から作成したプローブはセンス鎖もアンチセンス鎖も混ざっているというわけですよね?

(3)泳動した二本鎖DNAのゲルをアルカリ変性させ一本鎖にしますが、これをメンブランに移したということは同程度のバンドの位置に解離した二本鎖があるわけで、そこにプローブ(アンチセンス鎖もセンス鎖も含む)をアプライしたらバンドは二本観察されるのではないのでしょうか?

初心者的な質問で恐縮ですがよろしくお願いします。

Aベストアンサー

(1) 標識時の反応溶液には濃厚なDNAが存在しますが、それをハイブリダイゼーションの溶液に投入した時点で希釈され、互いに2本鎖を形成する確率は激減します。とはいえ一部は互いに2本鎖を形成しますが、それ以外の一定量の分子が標的にハイブリダイズすれば問題は無いわけです。

(2) 標識のストラテジーによって片方の鎖だけが標識される場合もあり、両方の鎖が標識される場合もあります。

(3) アルカリ変性によって2本鎖DNAが2本の独立した1本鎖DNAになり、それに伴って物理的に両者が離れ得ることは確かですが、その離れ方に方向性はありません。バンドの分離というよりは分子の受動的な拡散と捉えるべきでしょう、どちらにせよゲルに各種処理を施すことによるバンドの拡散(ぼやけること)の程度と比べれば完全に無視できます。つまりバンドは2本になりません。

Qベイスターズから出た選手と来た選手…

こんちには

ベイスターズから他球団に移籍した選手は活躍してるとおもいませんか?
内川 相川 多村 村田 小池…

逆にベイスターズに移籍してきた選手はみんな活躍してないと思いませんか?
森本 中村紀 渡辺直 菊地 林 藤井 鶴岡 ラミレス…

↑の選手は みな前所属球団ではそれなりに活躍していたのに…
やっぱりベイスターズに原因が?

Aベストアンサー

こんばんは。

ベイスターズに来た選手の大半がもう終わっている選手です。
攻守のバランスが取れていないのでしょう。

QDNAプローブの作製法

FISHに使用するDNAプローブを作製するとき、DNAサンプルのインサートはベクターから切り離した方が良いのでしょうか?インサートは2kbpほどです。また、インサートを切り離す場合、制限酵素で切断した後どのような作業をすればよいのでしょうか?または制限酵素で切断してすぐにラベリングしても大丈夫なのでしょうか?本を見ても書いてないので困っています。

Aベストアンサー

> 本を見ても書いてない

 そんなことは到底考えられません。
 人工的な DNA の合成方法や「切り張り」の手順に関しては、論文の materials and methods の項目にせよ、市販されている成書にせよ、いろいろなものに書いてあります。
 落ち着いて、良くお探しになって下さい。

 とりあえず、やっつけ調べの Google 検索で以下の pdf 書類を見つけました。
 手がかりにでもなれば幸いです。
http://www.dojindo.co.jp/wwwroot/productsj/info2/protocol/p12.pdf

Qベイスターズ

来月Wデートで横浜ベイスターズの試合を観に行くことになったのですが、野球のルールはなんとなく分かるくらいの知恵しかありません!相手側はベイスターズの大ファンらしいのでなんとかここだけは押さえておいたほうが良いということを教えて頂きたいです!
メンバーのことからチームのことまで…色々知りたいと思っています!

Aベストアンサー

新人で即戦力とされる松本と細山田がスタメンかどうかが見物ですね。
どちらも早稲田大卒で細山田は斎藤祐樹の球を受けてきた頭脳派捕手で松本は俊足好守で1番を打てる逸材です。

あとはWBCで活躍の内川と村田と最近不調の吉村のクリーンナップに期待ですね。

またセカンドショート争いが激しく藤田 石川 野中 山崎の若手がオープン戦によく出ています。

あと投手陣では開幕先発期待の三浦や日ハムからきたグリン、こばふと、寺原(今けが)桑原あたりが
ローテーションに入ると思います。

あと抑えの石井にも期待ですね。

また斎藤あきおピッチングコーチがいなくなったこともチームにはプラスでしょうね。

ちなみに私は3月11日のロッテ戦見に行きます。
あと3月22日のタカノリの引退式にも行きます。

QDNA修復機構の勉強をしていて、DNAグリコシダーゼとDNAグリコシラ

DNA修復機構の勉強をしていて、DNAグリコシダーゼとDNAグリコシラーゼの違いがわからなくて困ってます。
調べていると両者とも同じものじゃないかと思えてきましたが、アミラーゼとアミレイスのように同じ綴りで発音が違うわけではなさそうです。

誰かご存知の方がいらっしゃいましたら助けてください!

Aベストアンサー

「ご存知の方」じゃないけど, ちょっと調べた限りでは同じもの.
どちらも EC3.2.2 のグループ.

参考URL:http://science.jrank.org/pages/29019/%28DNA%29-glycosylase-or-DNA-glycosidase.html


人気Q&Aランキング

おすすめ情報