No.1
- 回答日時:
下記のURLが参考になるかと思います。
まず目的の遺伝子を検索し、下段のウィンドウの下のほう(例えばRetrieve Promoter Sequence)にあるTSS(Transcriptional start site) position枠で任意の遺伝子(おそらくNM_~だと思いますが)を選択し、『Get sequence』を押します。
塩基配列が表示されたら『Show public gene region』を押すと、転写開始部位やエクソン領域が色で表示されます。
最初は分かりにくいかもしれませんが、いろいろ試してみると使い方がなんとなく分かってくると思います。それほど難しくはありません。ご参考になれば幸いです。
参考URL:http://dbtss.hgc.jp/cgi-bin/home.cgi?NMID=NM_015 …
回答ありがとうございます
大変返事がおそくなって申し訳ないです
英語が多くてなかなか難しそうですが、おっしゃってるように試してみることが大事ですね
ありがとうございます
これから取り組んで試ます
No.2ベストアンサー
- 回答日時:
原始的な方法かも知れませんが、
まず、DDBJ(getentry)やGenbankをIgf1rで検索して、Igf1r遺伝子を含むゲノムDNA領域(contig等を含む)の配列情報を見つけてください。
そのレコードの中のannotationに、例えばこのような記述が見つかると思います。
gene 5415801..5691082
/gene="Igf1r"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: BestRefseq. Supporting evidence
includes similarity to: 1 mRNA"
/db_xref="GeneID:16001"
/db_xref="MGI:96433"
mRNA join(5415801..5415894,5467075..5467620,5628428..5628740,
5633332..5633483,5637521..5637665,5647648..5647862,
5649035..5649161,5651294..5651532,5653877..5654044,
5654250..5654454,5657651..5657934,5659274..5659410,
5659895..5660054,5665549..5665651,5666207..5666277,
5671536..5671765,5672049..5672159,5676276..5676438,
5679201..5679330,5682692..5682826,5690310..5691082)
geneの項から、そのレコードに載っている全塩基配列の
5415801-5691082塩基がIgf1r遺伝子にあたることがわかります。
mRNA join(5415801..5415894,5467075..5467620,(以下省略)
の項は、5415801-5415894塩基, 5467075-5467620塩基がそれぞれExonでそれらをつなげたものがmRNAの配列になるということです。似たような項でCDSというのがありますが、これはcoding sequence、すなわち翻訳領域を示します。
留意しておいてほしいのは、
・exon配列は予測であったり、一部のsplice variantしか反映されていない可能性もあるので、別のパターンもあるかもしれない
・ゲノム配列はファイルサイズが大きいので、パワー不足のコンピュータでは表示しきれないかも。また、Genebankはそういう巨大データは、まず概要のレポートが表示され、full dataを表示するにはそれを表示させるボタンをクリックするようになっているようです(つまり、検索後、表示したいレコードをクリックしても、データレコードの全体がいきなり出てくるわけではない)。
御礼が大変遅くなって申し訳ありません
丁寧な回答本当にありがとうございます
具体的な例のせつめいだったので、非常に分かりやすかったです
これをもとに、プライマーの設計に取り組もうと思います
ずっと悩んでいたことだったのですっきりしました
本当に感謝です
お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!
似たような質問が見つかりました
- 生物学 イントロンについて 1 2022/07/24 21:27
- 生物学 ある遺伝子のイントロンの数を調べるにはどのようにしたら調べれますか。サイトがあれば教えて欲しいです。 1 2023/06/28 14:24
- 生物学 大至急お願いします。 レポート課題について質問です。参考程度にしたいです。 1. 遺伝子という言葉の 4 2023/01/20 14:55
- 医療・安全 ゲノム編集で植物ポテンシャル最大化 2 2022/06/30 23:25
- 政治 PCR検査が風邪、インフルエンザ、健康な人、何でも陽性になりコロナ患者に仕立て上げられてることを知っ 1 2023/02/24 10:10
- 医学 新型 コロナワクチン 今回のP社、M社のワクチンはRNAで、AZ社にいたってはDNAです。あなたの設 7 2022/09/15 23:40
- 妊娠 出産経験のない女性は飲酒を全面禁止すべきではないでしょうか? 3 2022/04/12 17:27
- その他(ニュース・社会制度・災害) 出生前診断や遺伝子検査については様々な意見がありますが、皆さんは賛成反対のどちらですか? 2 2022/04/10 19:48
- 人類学・考古学 ヒトラーの遺体を回収したのはロシア軍でしたよね? 3 2022/05/06 17:49
- 生物学 高校生物の質問です。 タンパク質の平均分子量をアミノ酸の平均分子量で割ってタンパク質を構成するアミノ 1 2023/01/07 16:10
おすすめ情報
デイリーランキングこのカテゴリの人気デイリーQ&Aランキング
-
ゲノムDNAライブラリーとcDNAラ...
-
コザック配列の必要性
-
DH5αはサブクローニング用、JM1...
-
オペロン説のポイント
-
親の血液型で生まれる子供の血...
-
クローニングとサブクローニン...
-
エクソンとイントロン
-
controlとregulateの違いについて
-
Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Mycはど...
-
ヒトゲノムの解析について
-
ヌクレオシド、遺伝子、塩基、...
-
遺伝子導入 リポフェクトアミン
-
ノックインマウスについて
-
DNAのイントロンとエキソンに関...
-
アルカリ法について
-
転写の調節について(ホルモンの...
-
定量RT-PCRのスタンダードについて
-
遺伝子のORFより上流の領域の検...
-
pcDNAっていうベクターつかった...
-
プロモーター解析
マンスリーランキングこのカテゴリの人気マンスリーQ&Aランキング
-
親の血液型で生まれる子供の血...
-
転写、翻訳にかかる時間について
-
ゲノムDNAライブラリーとcDNAラ...
-
コザック配列の必要性
-
Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Mycはど...
-
DNAをボルテックス
-
controlとregulateの違いについて
-
DNA塩基配列の「相同性」?
-
トランスポーターの親和性って...
-
DNAとゲノムDNAの違い
-
pcDNAっていうベクターつかった...
-
色盲など、男性の方がかかりや...
-
pUCベクターについて
-
複写と転写の相違点について
-
なぜDNAのT(チミン)に対応す...
-
ポリシストロン性とモノシスト...
-
アルカリフォスファターゼ染色...
-
プロモーター領域
-
大腸菌の野生株とDH5α株
-
カサノリの実験
おすすめ情報