長鎖のオリゴDNAを設計していて疑問が生じました。
一般に、長鎖の場合は、Tm値の計算はGC%法が良いと言われて
いるようですが、この場合、妙なことが起ります。
例えば、70mer程度あって、末端にA/Tが続く場合、その部分を
切り縮めた方がTmが高く計算されるのです。
Tm(℃)=81.5+16.6*log[S]+0.41*(%GC)-(500/n)
(最後の500は675になっている文献もあり)
ですから、鎖長が短くなったことより、GC%が上昇することの
方が大きく寄与するのは式からも読めますが。
例えば、
----GCGCATAT 70mer
----GCGC 66mer
の場合、下の方が高いTmになります。
弱いとはいえ、A-T間の結合もΔGはマイナスですから、
本当は、無いよりはあったほうが全体としてのΔGも下がって、
Tmは僅かには上がるか、もしくはほとんど変わらないのでは
無いかと思うのですが、いかがなものでしょうか?
(鎖長が伸びて逆にTmが下がるというのは、どうもしっくり
来ないのです。)
お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!
似たような質問が見つかりました
- 物理学 英語表現についてどうもわからないので教えて貰えないでしょうか? 具体的には以下の文の中でreflec 1 2023/04/29 20:59
- CPU・メモリ・マザーボード パソコンのCPUがCore i5以上とあった場合、AMD A10-7700K APU with Ra 1 2022/08/09 03:50
- CPU・メモリ・マザーボード メモリ増設時の違い 32GB X 2 と 8GB X 8 4 2023/02/10 13:34
- オンラインゲーム Valorantの最低・推奨スペックについて質問させてください。 2 2022/09/07 17:48
- オンラインゲーム デットバイデイライトについて質問です。 起動しようとした時に『steam offline』 と出ます 2 2023/01/14 21:04
- CPU・メモリ・マザーボード DELL Vostro 3268に付けられるCPUを教えてください。以下にspecを載せてます。 4 2022/10/24 11:19
- ノートパソコン ノートパソコン 変換にタイムラグが出てきた 2 2022/09/19 09:20
- 生物学 【 生基 DNAの複製 】 問題 窒素の同位体15N(窒素14Nより重い)のみを窒素源として含む培地 2 2022/10/08 16:33
- 数学 『無限回の計算』 4 2023/06/07 17:49
- その他(動画サービス) VTuberstudioでのウェブカメラについて。 ウェブカメラトラッキングをしてカメラONにした際 2 2022/05/08 20:34
おすすめ情報
デイリーランキングこのカテゴリの人気デイリーQ&Aランキング
-
生物の問題です。 「一本鎖切断...
-
tRNA(運搬RNA)はどこで作られ...
-
アリル特異的PCR法の原理を教え...
-
PCR
-
長さNヌクレオチドのDNAで、幾...
-
言葉の厳密な意味
-
PCR増幅産物のbp
-
DNAはなぜ2重らせん?
-
生物基礎で質問なんですけどRNA...
-
Primer3のLeftとRightの方向
-
Poly(IC)とは
-
Blastにおける用語
-
DNA断片のシークエンス結果の読...
-
Sau3AIとBamHI
-
ペーパークロマトグラフィー
-
HBVの「マイナス鎖」と「プラス...
-
Alu配列って何?
-
PCRの種類について
-
生物の二重鎖のDNA
-
PCRプライマーへの制限酵素配列...
マンスリーランキングこのカテゴリの人気マンスリーQ&Aランキング
-
cos末端とは何ですか?DNAの端...
-
系統樹の読み方について
-
2つのシークエンスによる結果の...
-
DNA断片のシークエンス結果の読...
-
Poly(IC)とは
-
DNA
-
遺伝子操作
-
Primer3のLeftとRightの方向
-
DNA塩基配列から推定されるアミ...
-
DNAとRNAのどのような性質に違...
-
poly-Aとは
-
アリル特異的PCR法の原理を教え...
-
生化学に関して
-
一本鎖核酸のモル吸光係数の算出
-
卒論で遺伝子配列とアミノ酸配...
-
HBVの「マイナス鎖」と「プラス...
-
cDNA産物は1本鎖ですか?
-
Blastにおける用語
-
Shine-Dalgarno...
-
PCRの 5’・3’ が分からず困っ...
おすすめ情報