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類似の質問に最近答えたばかりですが、入射光の入射角、屈折率から透過率、反射率を求める式はフレネルの式と呼ばれています。
試料表面が平坦であること、吸収がないこと、という条件を満足すればこの式で求めることができます。http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%83%AC% …
このwikipediaの式は振幅透過率なので強度透過率にするには、反射率の場合はその二乗(r^2)を、透過率は少し面倒なので1-r^2で計算してください。屈折角βは屈折の法則から求めて代入します。
ただし、入射光の電場の向きによって結果が変わるので、偏光については別途理解しておいてください。
特にレーザー光の場合は偏光した状態で出ている事が多いので、レーザーの縦横の向きによっても結果が変わる可能性があります。
参考URL:http://oshiete1.goo.ne.jp/qa5474157.html
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