株式の特定口座の損益通算について

証券会社２社において特定口座で取引を行っています。
例えば昨年１月から１２月の間において株式の売買により、A社では10万円の利益（１万の源泉徴収）B社では１０万円の損が出ていて、確定申告をした場合１万円の還付が受けられると思いますがその場合、健康保険料や住民税等には影響はないのでしょうか？
というのも知人から、申告をした場合１年間をとおしての売り代金の合計が所得としてみられてしまい、健康保険、住民税がかなり上がってしまうと聞き、還付の税金が２、３０万ぐらいなかったら申告しない方がいいと言われ困惑しています。
お手数ではありますがお願いいたします。

No.1 ベストアンサー 回答者： jugemu_chosuke 回答日時： 2011/02/01 10:19

ご質問の事例では株式譲渡損と益を通算して０になりますからこの分について地方税/国保税の課税所得に影響することはありません。

もちろん損益を通算したことによりＡ社で源泉徴収された1万円のうち7千円は確定申告で還付され3千円は22年の地方税で減額されます。

参考までにこの損益の申告は総合課税とは切り離して課税する申告分離課税に相当します。申告分離課税の税率は
=>http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1463.htm

所得税が7%と地方税が3%になります。更に国保税は自治体により差がありますが概ね10%です。