染色体歩行法

あるDNA中の未知の配列を決定する方法として、染色体歩行法（遺伝子歩行法）がありますが、なぜこの方法が使用されるのでしょうか？
ショットガンなどは配列が全くの未知であるときでも遺伝子断片をクローン化できるということで、利用する理由がなんとなくわかるのですが、染色体歩行法はあるプローブが決定しているのですから、
１、その配列を鋳型としたシーケンス反応
２、配列の決定
という具合に遺伝子配列を求めることはできないのでしょうか？
自分でも調べてみたのですが、よく理解できませんでした。ご存知の方ご教授お願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： geneticist12 回答日時： 2005/05/08 10:25

歴史的、技術的、経済的、戦略の思想的問題が絡んでいます。

かつては（いまからたかだか10年くらい前）、自分の興味のある遺伝子を含むゲノム領域のDNAをクローニングして、そこに限って塩基配列決定などの解析を行うというのが当たり前でした。出発となるプローブがあったとして、対応するクローンを単離するのに、1～2週間、それから次のプローブとなる断片をサブクローニングして、さらに一歩、歩くのにまた1～2週間はかかります。2、3歩歩いて得られるDNA領域の長さがせいぜい50 kb。それを、もし全長をシークエンスするとしたら、解析しやすい断片にサブクローニングしたり、sequential deletionを作ったりして、それだけに専念しても最低半年はかかったでしょう。オートラジオグラフィを手作業で読んでつないでいくのが当たり前。手間も時間もお金もかかるので、クローニングした全長ではなくて、本当に興味のある部分だけを（原因遺伝子の転写領域だけとか）、なるべく重複を少なくして最小限のrunで済むような方法で、塩基配列を決定するのが普通でした。いまでも、ゲノムプロジェクトの対象になっていない材料ではそういう風にやっていると思います。
ショットガンでは、サンプリングの偏りがあるため、実際解析する塩基配列数の数倍を読む必要があるといわれています。これができるようになったのは、近年の自動解析装置とコンピュータの進歩のおかげです。

この回答へのお礼

つまりショットガンよりも効率のいい方法として、重要で迅速に結果を出したい場合に使われているということですか。
ご返答ありがとうございました。参考にさせていただきます。

お礼日時：2005/05/08 17:07