プラスミドの精製

プラスミドpGLOで形質転換した大腸菌を増殖させ、アルカリ法を用いてプラスミドを精製させる実験を行いました。
大腸菌にグルコース、HCL、EDTAを加えた後、アルカリ処理を行いましたが、この処理時間が長いとどのような問題が発生するのでしょうか？
また、RNAを除去する前に、得られたDNAを精製水ではなく、HCLとEDTAに溶解させたのはなぜでしょうか？

No.1 回答者： geneticist12 回答日時： 2005/05/28 21:44

＞大腸菌にグルコース、HCL、EDTAを加えた後、アルカリ処理を行いましたが

HCLは、Tris-HClバッファでしょう。HCl（塩酸）なんか入れたら、えらいことです。

＞アルカリ処理を行いましたが、この処理時間が長いとどのような問題が発生するのでしょうか？
↓ここをみてください。
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=1383424

＞精製水ではなく、HCLとEDTAに溶解させたのはなぜでしょうか？
DNAを溶解するとき、TE (10 mM Tris (pH8.0), 1 mM EDTA)と呼ばれる、薄いTris-HClバッファ＋EDTAがよく使われます。
バッファーは、DNA溶液を中性付近に保ちます。DNAの水溶液はやや酸性になり（核酸というくらいですから）、DNAに徐々にダメージをあたえるため、バッファーに溶解するのが良いのです。

EDTAを加えるのは、マグネシウムなどの二価の金属イオンをキレートして除くためです。精製といっても100％ということはありませんから、わずかでもDNA分解酵素が混入しているかもしれません。しかし、マグネシウムイオンがないとDNA分解酵素が効かなくなるので、分解を防ぐことができます。
また、DNA沈殿にマグネシウムイオンが結びついていると、非常に安定な沈殿となり、再溶解しにくくなります。EDTAを加えることによって、DNAを溶けやすくする意味もあります。