マイクロアレイ解析に関する基本的な質問

今後マイクロアレイ解析を実験に組み込もうかと考えています．実際には外注することになるのですが，基本的なことについていくつか疑問に思ったことがあったので質問させてください．

（１）
数多くの遺伝子発現量を調べる際，再現性が問題になりますし，何らかのアーティファクトが出ることもあると思うのですが，一般的には同じサンプルで何回くらいアレイにかけるのでしょうか．例えば，3回やって平均値をとるとかでしょうか．
（２）
ある目的に応じ遺伝子をピックアップして作成された遺伝子数の少ない自家製マイクロアレイと，それらの遺伝子を含みかつ他の遺伝子も大量に検索できるマイクロアレイのメリットとデメリットにはどういうものがあるのでしょうか．実験の目的（検索したい遺伝子数）によるのでしょうが，それ以外で何か差はあるのでしょうか．例えば再現性の問題とか…．
（３）
上の質問と関連するのですが，『検索できる遺伝子数が多い方がいいという問題でもない』という話を聞きました．素人的には「大は小を兼ねる」と思い，せっかく解析するなら多い方がいいのでは，と考えてしまいます．実際のところどうなのでしょう．実際に解析されている方，何かご意見がありましたらお聞きしたいです．

No.1 ベストアンサー 回答者： LIGHTSPEED 回答日時： 2006/02/10 21:18

外注ではなく、既製品を、プロトコールどおりやった経験者として、お答えします。

１）
繰り返す回数は多ければ多いほど信頼性は増す、とnatureの特集に書いてありましたが、実際は不可能ですよね、金銭的にも時間的にも。単色か二色法か、どちらをされるのかわかりませんが、二色法だとCy3,5を入れ替えて裏を取るので、実験回数nは増えます。私は二色で一度しかできませんでしたが（諸事情で）、知り合いは単色で３回、二色だと裏表を二回ずつのパターンが多いです。要は自分で線引きをしています。

2) and 3)
カスタムアレイは見たいものがある程度決まっているのであればお勧めです。「あれも（自分が目的とする遺伝子）見たいけど、ついでに他はどう発現してるんだろか？？」とプロファイリングをしたいのであれば、全遺伝子を網羅した（とは言え、載ってる遺伝子は偏りがあると私は感じています）タイプですね。
私はカスタムではなかったので、他を語れませんが、売り物だと一枚のスライドに端から端までびっちり載ってて、ハイブリやwashでムラが起きる可能性があります。ま、それも解析ソフトが補正してくれますが、、、。それらは自分でスポットしたカスタムだと解決できるのかもしれません。
大は小を兼ねる、、、そうとも言い切れないかも。目的によりますが、データマイニングが大変で、結局見切れずに捨ててしまっている遺伝子がたくさんあるので、マンパワーさえあればな～といつも私は思います。
ラボで確立されたプロトコール（実験から解析まですべて）が既におありでしょうか。というのも、私の場合、私がラボ内で初めて、解析ツールを理解するのも私が初めて、という、”初めてづくし”で、手伝ってくれる人もおらず、放置プレイだったので、かなり大変でした。

まずは、アレイで何を見たいかを明確にして、単色化二色か、またアレイも会社によって性能や性質、長所短所、発現を確認するマイクロアレイ以外の実験との相関性。相性が結構違いますので、そのあたりを調べて書き出すことから始められてはどうでしょうか（もうされたのかな？）

文章ベタで、かつ参考にもならない回答ですが、一例として、、、。

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。正直私も初めてづくしに近い状態で、基本的なことでもまだまだ疑問が多くてなりません。LIGHTSPEEDさんのご経験、とても参考になりました。

お礼日時：2006/02/10 22:04