18s ribosomal RNAの配列が知りたい

犬の18s ribosomal RNAの配列が知りたいのですが、ネットでいくら探しても見つかりません。
どなたか、調べ方などご存じないでしょうか？

No.1 ベストアンサー 回答者： blackdragon 回答日時： 2006/06/02 14:42

どうも、解析されていないようですね。

ただし、未整理のショットガンシークエンスのなかにはあるようです。

他の生物(humanなど）の18Sの配列
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?d …
をQueryとして使い、

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
の
Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)
を使って、
Choose databaseのプルダウンメニューでgssを選択して検索すると（OptionのLimit by entrez queryでCanis familiarisを選んでおくと速い）、多数ヒットしますので、つなぎ合わせれば、ほぼ全長の配列が得られるでしょう。

ただし、あくまでもショットガンシークエンスのデータなので、複数の候補を照らし合さないと、エラーが含まれています。

なぜ18Sが調べられていないのかというと、恐らく、18Sでは保存性が高すぎて分類に使えないからじゃないかと思います。ミトコンドリアの配列の方が使われているようですね。

この回答へのお礼

ご丁寧にありがとうございます。
おかげさまでちゃんと調べることができました。
実はイヌの18SｒRNAのPrimerを作りたかったのですが、ほとんど種間で変わらないとはいえ、気になってしまいました。
配列確認して安心致しました。
BLASTとは灯台もと暗しでした。。。

お礼日時：2006/06/02 16:42