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ゲノムつまりES細胞のもつすべてのDNAには、あなたの体すべてを作製できる情報が詰まっています。
その情報で分裂するに従って必要の無いものをマスクしていくことが、細胞の分化だと、非常に荒っぽい表現で専門家として心苦しいのですが思ってください。すべでのアプリケーションのはいったPCからwordのみが読み取れるように他のアプリケーションにプロテクトをかけたとします。そうすると、このPCはワードプロセッサーに分化したのです。そのプロテクトにはいくつかのメカニズムが提唱されていて、一つはDNAのメチル化という化学修飾でこの修飾があると情報が読み込めなくなります。同様にDNAを巻き取っているヒストンの化学修飾もこのプロテクトに大きく関与していると言われています。エピジェネティックス、DNAメチル化、ヒストンコード、クロマチン、ヘテロクロマチン、などのキーワードで検索してみてください。
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