制限酵素切断後のゲノムの大きさは？

実験初心者です．初歩的な質問で申し訳ありません．

ゲノムを制限酵素で切断した後の大きさは，どのくらいの大きさになるのでしょうか？
何塩基を認識して切るかにより認識部位の頻度が変わることはわかります．
単なる確率の計算のように，
「6塩基認識酵素であれば，６つ並ぶ塩基が４つのATGCから一致する確率，」
として，「４の6乗＝4000」より計算すればよいのでしょうか？
教えてください．

No.2 ベストアンサー 回答者： miya_0726 回答日時： 2007/07/13 17:23

確率論的には、おおまかにはそのように考えてかまいません。

6塩基認識の制限酵素であれば、4^6=4096bpが平均サイズになります。

ただし、コレはあくまでも平均値で、実際にはゲノム全体のGC含量、ゲノム種により塩基の並び方のパターンに選り好みがあったりするので、もっと長いのから短いのまでいろいろ出てきます。
例えば、GC含量が低い生物のゲノムではGGGCCCというパターンは当然少ないと思われますが、逆にAAATTTというパターンは増えるかもしれません。GのあとにAがあまり来ないような偏りがあれば、GAATTCというパターンは出にくくなるでしょう。

また、制限酵素によって切れるかどうかは制限酵素認識部位がメチル化されているか否か（一部がメチル化されていると切れない酵素もあります）、そもそも制限酵素が制限酵素認識部位にくっつくかどうかなどもありますから、実際には切れ残りやらなんやらで非常に長いものから短いものまで出てきます。

No.1 回答者： paridon-_- 回答日時： 2007/07/13 17:17

机の上で計算したようにうまくはいきません。

机の上での計算は質問者様のおっしゃるようかも知れませんが、
ゲノムというのは非常に消化しにくいんです。
4塩基認識制限酵素で時間をかけて平均数kbpに消化するのがやっとです。
6塩基とかなら、平均数十kbpがいいところではないでしょうか?

ちなみに、消化した後は電気泳動するとかなりブロードなバンドが見られます。
詳しくは、図書館に行って実験書で「gDNAライブラリーの作り方」が
書いてある物を見てください。実際に消化される大きさや、電気泳動の図があると思います。