race法について

植物の遺伝子工学を学んでいます。

cDNA-AFLP法を用いて塩基配列の解析をしたのですが、そのうちの一部のDNAについて3´race法での解析をしたいと考えています。

そこで質問ですが、cDNA-AFLP法で用いたDNA抽出液を使ってrace法を行うことは可能でしょうか？

やはり、もう一度RNAの抽出からしないといけないのでしょうか？

No.1 回答者： MIYD 回答日時： 2007/12/31 07:59

>cDNA-AFLP法で用いたDNA抽出液

cDNA-AFLPのどのステップのことでしょうか？

ds cDNAの時点ならば、プライマーや1回目の熱変性の条件を検討すれば、理論上は出来ますが、
条件検討や非特異反応による産物に悩まされる手間と、再度抽出する手間のどちらが簡単かはやってみないと分かりません。
センスプライマーと、オリゴdTプライマーをうまく特異的にアニールさせないと、どんどん非特異産物が増えてきます。

制限酵素処理後ならば、切れ残りを増やすことになるので、非常に効率が悪いです(不可能ではないでしょうけれども)。