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No.1
- 回答日時:
こんにちは。
ダウンロードしてもうまく行かなかったのは Affymetrix GeneChip Command Console のことでしょうか?それとも Expression Console?それらは、スキャン後にCELファイルと一緒にでてくるいくつかのファイルと、そのアレイのライブラリファイルが、最低限必要だったとおもいます。
その上、CELファイルの生のデータをみられず、プローブセットにSummarizeした値しか出てこなかったのではと思います(こちらは発現アレイに関してで、SNPアレイとかはあまりよく知りません)。
CELを「開く」、というよりは、中身をTxtファイルとして出力するソフトですが、Affymetrix Power Tools というのがあります。その後の解析では、txtファイルを別のソフトで読み込んだりすることになります。Affymetrixから入手可能です(フリー)。難点というか、慣れていない人にとっては扱いづらい点ですが、Command line で 命令文を書いてやらなくてはなりません。その分、より自由度の高い解析ができるんですけれどもね。
どのアレイの解析を行っていらっしゃるかわかれば、もう少しアドバイスできるかもしれません。
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