マルチプルアラインメントの配列の相同性を視覚的に見ることができる
Sequence Logoを作成するソフトウェアのWeb Logoというものがありますが、
使い方が全く分かりません(涙)
そのWeb Logoを使って、2種類の微生物の配列を比較したいと考えています。

どのようにそのソフトウェアを用いたらいいのか、
どなたか教えてください!
お願い致します!

A 回答 (1件)

あなたのやりたい事と WebLogo でできる事とが噛み合っていないように見えます。



まず、マルチプルアラインメントというのはもっと多数の配列間で相同性を調べるものです。
2種類の微生物の配列を比較したいなら pairwise alignment で十分だと思うのですが。

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/
こことか

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
BLAST で "Align two or more sequences" をやっても良いですし。

研究室で使っている配列解析ソフトでできる場合もあります。


次に、WebLogo は BoxShade や ESPript のようにマルチプルアラインメントを行なった後のデータの加工に使うサービスですから、あらかじめ ClustalW 等でアラインメントを行なっておかなくてはなりません。

最後に、WebLogo は多数の相同性の高い配列から一般に言われるコンセンサス配列よりも詳しく塩基やアミノ酸残基の配列の傾向を抽出してくれます。そのためには比較する配列が多い方が良いようで、2つの配列では一致する塩基やアミノ酸残基のみが表示されるだけになってしまいます。その程度の情報でいいなら、既に書いた通り pairwise alignment で十分得られます。


結論としては pairwise alignment をやってください、となります。
どうしても WebLogo が使いたければ、WebLogo の examples で "Edit Logo" ボタンを押してどんなデータやパラメータが入力されているかを見る事と、ヘルプページを見ながら examples のパラメータをいじってロゴがどう変わるかを見て勉強するのが早道な気がします。

examples
http://weblogo.berkeley.edu/examples.html

help
http://weblogo.berkeley.edu/info.html
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http://k-tai.sharp.co.jp/support/d/sh01g/faq.html?ac_faq_content&bc=8&sc=47&id=31060
を読むと 設定への案内がありますが この説明の最後にある
3.[手鏡]
というのは グレーアウトされていて その存在が確認できるだけの項目になっているのでしょうか?

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というのは、おそらく、ある配列Aに類似した配列をデータベースの中を検索し、その結果見つかった既知の生物種の配列A’が、配列Aと偶然一致する確率が 0.01よりも小さいことを意味しています。この場合の確率というのは、あるデータベースを検索した時の結果を評価する値です。具体的にどのような計算をしているのかは、私はよく知りません。以下の参照URLの Expect (E) valueについて調べることは、参考になるかもしれません。

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NikomatFTNの使い方。
http://nikonfan.cocolog-nifty.com/photos/uncategorized/2009/02/11/matftn1a.jpg

基本的にFTの使い方と大差ありません。
ただ、ニコンの場合、レンズ装着時に儀式のようなルールがあり、これを怠ると露出計が正しく作動しません。
電池は、「H-D型水銀電池」。ただし、公害問題で製造中止。
代替電池は、バルタ製アルカリ電池V625U(カメラ量販店で入手可・100円ぐらい)。
ただし、水銀電池より電圧が高いので測光誤差が生じます。なお、関東カメラサービスから電圧変換型アダプターが販売されていますので、詳細は、此方に問い合わせてください。
http://www.kanto-cs.co.jp/company/index.html
まぁ、ニコマート自体は、電池がなくても作動するので、露出決定は、勘ピューターでも撮影は可能です。

モルトプレーンは、裏蓋の嵌る溝に付いている遮光スポンジ。これがボロボロになると、光線引きが起こります。
カメラは、モルトプレーンを含み整備が必要と思われます。
取敢えず、フィルムを買い、そのお店でレンズの装着方法とフィルムの詰め方を教えて貰いましょう。
その時、カメラも点検して貰いましょう。

NikomatFTNの使い方。
http://nikonfan.cocolog-nifty.com/photos/uncategorized/2009/02/11/matftn1a.jpg

基本的にFTの使い方と大差ありません。
ただ、ニコンの場合、レンズ装着時に儀式のようなルールがあり、これを怠ると露出計が正しく作動しません。
電池は、「H-D型水銀電池」。ただし、公害問題で製造中止。
代替電池は、バルタ製アルカリ電池V625U(カメラ量販店で入手可・100円ぐらい)。
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