Web Logoの使い方について

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質問者：yuuki-tomo
質問日時：2011/04/27 14:33
回答数：1件

マルチプルアラインメントの配列の相同性を視覚的に見ることができる
Sequence Logoを作成するソフトウェアのWeb Logoというものがありますが、
使い方が全く分かりません（涙）
そのWeb Logoを使って、２種類の微生物の配列を比較したいと考えています。

どのようにそのソフトウェアを用いたらいいのか、
どなたか教えてください！
お願い致します！

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回答 (1件)

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No.1

回答者： guragura77
回答日時：2011/04/30 14:54

あなたのやりたい事と WebLogo でできる事とが噛み合っていないように見えます。

まず、マルチプルアラインメントというのはもっと多数の配列間で相同性を調べるものです。
2種類の微生物の配列を比較したいなら pairwise alignment で十分だと思うのですが。

http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/
こことか

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
BLAST で "Align two or more sequences" をやっても良いですし。

研究室で使っている配列解析ソフトでできる場合もあります。

次に、WebLogo は BoxShade や ESPript のようにマルチプルアラインメントを行なった後のデータの加工に使うサービスですから、あらかじめ ClustalW 等でアラインメントを行なっておかなくてはなりません。

最後に、WebLogo は多数の相同性の高い配列から一般に言われるコンセンサス配列よりも詳しく塩基やアミノ酸残基の配列の傾向を抽出してくれます。そのためには比較する配列が多い方が良いようで、2つの配列では一致する塩基やアミノ酸残基のみが表示されるだけになってしまいます。その程度の情報でいいなら、既に書いた通り pairwise alignment で十分得られます。

結論としては pairwise alignment をやってください、となります。
どうしても WebLogo が使いたければ、WebLogo の examples で "Edit Logo" ボタンを押してどんなデータやパラメータが入力されているかを見る事と、ヘルプページを見ながら examples のパラメータをいじってロゴがどう変わるかを見て勉強するのが早道な気がします。

examples
http://weblogo.berkeley.edu/examples.html

help
http://weblogo.berkeley.edu/info.html