Macのfinderで外付けHDが検索できません。

お世話になります。
MacOS10.13.1、本体はMacPRO late2013です。

ここ2週間で、2回続けて外付けHDDがマウントできなくなり、消去とバックアップからの復旧を2回繰り返しました。
そしてfinderでの外付けHDDの検索がうまくいかなくなりました。

検索しても、HDDの中身はスキップされて、SDDの方だけの検索になります。

ネットで対策を検索して、システム環境設定＞spotlight＞プライバシーで、表示されないHDDをいったん「ー 排除」指定し、その後「+ 排除停止」とやると、finderでも正常に表示されるようになる、という手段を発見しました。
試すと確かにそのあとしばらくはfinderが正常に機能するようになります。しかししばらく（1時間程度？）して検索すると、元の検索できない状態に戻っています。

spotlight、finderのそれぞれでライブラリ内の.plistのファイルを捨てて再起動してみましたが、問題は変わりませんでした。
関係あるのかどうかわかりませんが、外付けHDDはフォーマットした際にいつの間にかAPFSというフォーマットになっていました。以前はmac拡張（ジャーナル）でした。

HDD検索は仕事で頻繁に使うので、困っております。
正常化する方法をご存知の方がいらっしゃったら、回答お願いいたします。

よろしくお願い致します。

質問者からの補足コメント

• 回答ありがとうございます。
  形式は上にも書いたようにAFPSです。
  
  spotlightは全く使っていないのですが、今試してみると単語の一部で、最近その単語を使ったフォルダが自動的に表示され、それが消せません。その場合HDDも検索で引っかかっています。
  しかし単語によってはやはりHDDは無視されます。
  
  やはりSpotlightの問題ですかね。

  No.1の回答に寄せられた補足コメントです。 補足日時：2018/04/27 13:13

No.1 ベストアンサー 回答者： goold-man 回答日時： 2018/04/27 06:10

外付けHDDのフォーマット形式は？（SpotLight対象外では？）

https://discussionsjapan.apple.com/thread/10144777