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花粉の精虫が受精する(または死んでしまう)ために、熟したあとの果実の腐敗臭ではないですか？
実を結ぶのはメスの木だけですから、全てのイチョウの木というわけでもないですし。
http://www.ikkando.com/saisin-jyoho/saisin-jyoho …
その実自体に、ギンコール酸というのが含まれていますので、生食・多食で中毒になり、最悪の事態で死に至るそうです。
少し逸れてしまいましたが。。。
参考URL：http://had0.big.ous.ac.jp/~hada/plantsdic/gymnos …
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