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No.1
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ある物体がその固有の特性を示す最小単位は分子か結晶です。
どちらも原子が結合した状態なので、その特性は原子間の結合状態が現れたものと解釈するのが自然です。例えば、炭素原子の骨組みに精々水素原子が付加された構造である有機化合物はメタン等の気体から、様々な粘度の液体(オイル)、そしてナフタレンのような固体と成り得ます。さらに、炭素原子だけでも黒鉛やダイヤモンドになります。これら形態を、原子自体の特性、ましてや個々の原子を構成する電子状態の違いで説明することは不可能でしょう。有機化合物の結合は全て共有結合なので、これら形態の違いはそれぞれの共有結合の強さから評価できるのではないかと思います。
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