Rocheから発売されたMammalian Epitope Tag Expression Vectorの一種であるpHM6というプラスミドの全塩基配列を紛失してしまいました。誰かご存知の方、もしくはデータをダウンロードできるサイトをご存知の方はよろしくお願いします。

A 回答 (2件)

以下の参考URLサイトは参考になりますでしょうか?


「Roche:Product Search」
このページで「pHM6」と入れて検索してください。

rei00さんの回答のようにカタログNo.で問い合わせては如何でしょうか?

ご参考まで。

参考URL:http://biochem.roche.com/prodinfo.htm
    • good
    • 0

 その全塩基配列はお買いになった製品(pHM6 というプラスミド)に付いていたものでしょうか。



 それでしたら,その製品を購入された代理店に請求されれば,Roche から取り寄せて下さると思います。あるいは,Roche に直接請求されてもいいかも知れません。メ-ルで問い合わせて,メ-ルで返事が来れば1日で済むかも知れませんよ。

 日本ロシュのペ-ジを下にあげておきますのでどうぞ。

参考URL:http://www.nipponroche.co.jp/
    • good
    • 0

お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!

このQ&Aを見た人が検索しているワード

このQ&Aと関連する良く見られている質問

QCなどで要素の数が固定できない配列はどうやって実現しますか?

配列について質問します。

BASIC系では配列は動的配列で要素の数が自由に変えられます。
ですが、C等では宣言時に配列の要素の数を決めておかねばならなかったと思います。
もし、C等で要素の数がわからないけど、配列を使いたい場合、どうすればいいのでしょうか?
どのように実現するのでしょうか?
配列と同じ使い勝手なら配列でなくともかまいません。

今はVBAでプログラムを組んでいるので、動的配列を使えばすむのですが、いずれ他の言語に移植したいので、できるだけ使わないようにしたいと思っています。

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

malloc等のメモリ確保はNo.1さんの回答のリンクが詳しいですね。
C言語でプログラムを組む場合は、大抵はこれらメモリ操作関数のお世話になります。

これに加えて、C++やJavaのライブラリでは、動的配列クラスというものが使えます。
C++だとvectorやlist、JavaだとVectorやArrayListあたりですね。
他にも、言語や環境に依存したライブラリ、フレームワークで
様々な動的配列の機構が用意されていたりします。

簡単にまとめると、
・malloc、free、realloc等を使う方法 → ReDim
・動的配列クラス → Collection
のようなものだと考えてください。

Qプラスミドについて ご存知の方お願いします!

プラスミドマップについて質問させてください。今後プラスミドを扱う大学院生です。
初歩的なことですみません。

マップ内にcodingされている遺伝子のうち、転写の向きが異なるものが含まれていることがあるかと思うのですが、これはまず総論的な話として

1、意図的にあえてそうしたものを作っているのか、そうだとすればそれはなぜなのか
2、たまたま以前の過程でその遺伝子をプラスミドに導入したときに、向きが反対に入ったが関係ない部分なのでそのままにしているのか、

どちらでしょうか。

また上記1に関して各論になりますが F1oriの向きで+/-の表記をわざわざ付け加えているプラスミドがありますが、F1oriの向きを変えることで何か利点があるのでしょうか。

お忙しいとは思いますがサイトや本を見てもしっくりくるものがなくて非常に困っています、よろしくお願いします!

Aベストアンサー

次にいつ書き込めるか分からないので答えておきますね。
実験用途と照らし合わせて考えると良いと思います。

・動物細胞などに使う発現ベクターやT3/T7/SP6 promoterのベクターでインサートの向きが反対
=アンチセンスRNAを発現、またはin vitroで合成させるために作った可能性があります。
線虫などを研究対象にしている場合、その可能性は高いと思います。
Mammalianを対象にした時期もありましたが、RNAiの仕組みが分かった今とあっては…使えませんね^-^;
(ESでは有効という話も聞きますが、詳しくは知りません)

几帳面な人がハズレクローンを保存してただけかも知れません。。


・クローニングベクターのLacZとインサートの向きが反対
=たまたまだと思います(向きが問題にならない)。


クローニングベクターにもT3/T7/SP6 promoterがあったりするので
こうなってくると単純にクローニングしただけなのか、意図的にそうしたのか、見分けはつかないと思います。

またベクター構築の際、MCSを拝借したりするために、機能上全く意味のない中間体ベクターを作ることがありますので、
使途不明のベクターは詮索してもあまりメリットはないと思います^-^;

次にいつ書き込めるか分からないので答えておきますね。
実験用途と照らし合わせて考えると良いと思います。

・動物細胞などに使う発現ベクターやT3/T7/SP6 promoterのベクターでインサートの向きが反対
=アンチセンスRNAを発現、またはin vitroで合成させるために作った可能性があります。
線虫などを研究対象にしている場合、その可能性は高いと思います。
Mammalianを対象にした時期もありましたが、RNAiの仕組みが分かった今とあっては…使えませんね^-^;
(ESでは有効という話も聞きますが、詳しくは知りませ...続きを読む

QC#かJavaで、配列の中から別の配列を探し出す

お世話になります。

C#かJava(CやC++は入れない)で、特定の配列の中に、該当する
配列があるかどうかを調べるメソッドがあれば、教えてください。

例えば…

int[] a={0,0,0,1,2,3,4,5,6,7};
int[] b={3,4,5};

ならば、『5』が返ってくるなどです。

力技では、aの配列を順にみていき、bの一番目と同じなら、
お互いの配列の次の要素を比較…などとやっていくのですが、
これらの方法を、標準のメソッドがあれば…と思い、
質問させていただきました。

以上、よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

Javaだけの話です。(以下、indexはbの添字)
int型配列aに含まれるint型配列bの要素の先頭の添字だけ欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,b[index]);
int型配列aに含まれるint型配列bの要素の全添字欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,from,to,b[index]);//from,toは配列aの走査対象要素

配列がオブジェクト型でもいいなら、Listを実装したクラス(ArrayListなど)に放り込みます。

オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素があるか否か
listA.contains(b[index]);
オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素の先頭の添字だけ欲しい場合
listA.indexOf(b[index]);
オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素の最後の添字だけ欲しい場合
listA.lastIndexOf(b[index]);

最初に見つかる添字だけ欲しいなら標準ライブラリで取得できますが、
全添字が欲しいとなると途端に泥臭くなります。

Javaだけの話です。(以下、indexはbの添字)
int型配列aに含まれるint型配列bの要素の先頭の添字だけ欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,b[index]);
int型配列aに含まれるint型配列bの要素の全添字欲しい場合
Arrays.binarySearch(a,from,to,b[index]);//from,toは配列aの走査対象要素

配列がオブジェクト型でもいいなら、Listを実装したクラス(ArrayListなど)に放り込みます。

オブジェクト型配列aに含まれるオブジェクト型配列bの要素があるか否か
listA.contains(b[index]);
オブジェクト型配列aに含まれるオ...続きを読む

Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

QC言語の2次元配列 容量が大きすぎる場合の対処方法

私はC言語をもちいて2次元配列を作ろうとしています。

しかし、配列数が double c[10000][10000];
と大きいものにすると、エラーになってしまいます。

もちろん小さい double c[10][10];
のような配列では問題ありません。

malloc関数とかも調べたのですがなかなかいい文献が見つからずに
困っています。
どうかいいご意見があればよろしくお願いします。

Aベストアンサー

No.5です。
>今はa[],b[]に10000個の配列があります。これをc[a][b]に格納するためにどうするか、例文を書いていただいてもよろしいでしょうか?

例文ではありませんが、感じだけ書きましたので参考にしてください。
パラメタの順序や型は正しくないと思いますので、各関数はよく調べて使ってください。あくまで、こんな感じ、ということです。
-------------------
#include <stdio.h>
#include <io.h>

double read_c(FILE *fp, int x, int y) {
 double c;
 fseek(fp,(x*10000+y)*8L, SEEK_SET);
 fread(&c, 1,8, fp);
 return c;
}

void write_c(FILE *fp, double *c, int x, int y) {
 fseek(fp,(x*10000+y)*8L, SEEK_SET);
 fwrite(c, 1,8, fp);
}

int main(void)
{
 FILE *fp;
 double c,s;
 int x,y;
 int a[10000],b[10000];
 
 fp = fopen("c.dat","w+b");// double c[10000][10000]; の意味
 
 for(x=0; x<10000; x++) {
  for(y=0; y<10000; y++) {
   c=a[x]*b[y];
   write_c(fp, &c, x,y);// c[x][y]=a[x]*b[y]; の意味
  }
 }
 
 for(x=0; x<10000; x++) {
  s=0;
  for(y=0; y<10000; y++) {
   s += read_c(fp, x,y);// s += c[x][y]; の意味
  }
  b[x] = s / 10000;
 }
 
 fclose(fp);
 return 0;
}

No.5です。
>今はa[],b[]に10000個の配列があります。これをc[a][b]に格納するためにどうするか、例文を書いていただいてもよろしいでしょうか?

例文ではありませんが、感じだけ書きましたので参考にしてください。
パラメタの順序や型は正しくないと思いますので、各関数はよく調べて使ってください。あくまで、こんな感じ、ということです。
-------------------
#include <stdio.h>
#include <io.h>

double read_c(FILE *fp, int x, int y) {
 double c;
 fseek(fp,(x*10000+y)*8L, SEEK_SET);...続きを読む

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

Qc言語の配列の先頭アドレスが偶数アドレスとなる理由について

c言語の配列の先頭アドレスが偶数アドレスとなる理由について

下記のように実行結果をで見ると、配列Sの先頭アドレスと配列Cの先頭アドレス共に偶数アドレスなる理由を教えて頂きたい。

/*list0105*/
#include <stdio.h>
main()
{

char na=1;
char nb=1;
char c[2] ={1,2};
char s[3] = {1,2,3};
char nc=1;
char nd=1;

printf("%p\n",&na);
printf("%p\n",&nb);
printf("%p %p \n", &c[0],&c[1] );
printf("%p %p %p \n", &s[0],&s[1] ,&s[2] );
printf("%p\n",&nc);
printf("%p\n",&nd);


}

実行結果
0xbffff8cf
0xbffff8ce
0xbffff8cc 0xbffff8cd ← c配列
0xbffff8b0 0xbffff8b1 0xbffff8b2 ← S配列
0xbffff8af
0xbffff8ae

c言語の配列の先頭アドレスが偶数アドレスとなる理由について

下記のように実行結果をで見ると、配列Sの先頭アドレスと配列Cの先頭アドレス共に偶数アドレスなる理由を教えて頂きたい。

/*list0105*/
#include <stdio.h>
main()
{

char na=1;
char nb=1;
char c[2] ={1,2};
char s[3] = {1,2,3};
char nc=1;
char nd=1;

printf("%p\n",&na);
printf("%p\n",&nb);
printf("%p %p \n", &c[0],&c[1] );
printf("%p %p %p \n", &s[0],&s[1] ,&s[2] );
pr...続きを読む

Aベストアンサー

メモリの配置はコンパイラとコンパイルオプションに依存します。
デフォルトだと、32ビットのメモリ処理単位=4バイトとか8バイトが多いかと。
理由は32ビットCPUが4バイト単位でメモリにアクセスするのでアクセス効率を優先したためです。

例えば、
0xbffff8cc 0xbffff8cd ← c配列
0xbffff8ce 0xbffff8cf 0xbffff8d0 ← S配列
だとしたら、S配列の内容全てを参照するためにCPUは0xbffff8ccと0xbffff8d0の合計8バイトにアクセスする必要が出てきます。無駄ですよね。

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
(3)では Leu/His/Tyr/Thr
というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

また、この塩基配列にはなかったのですが
開始コドン(AUG)や終止コドン(UAA,UAG,UGA)が配列にあったなら答えはどうなるんでしょうか?

たとえばAUAUGCAUUGACACAUとします。
AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
この切り方だと翻訳はAUGからUGAでとまるのでUGA以下のCACは無視するのでしょうか?
つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
次に終始コドンがある読み枠にあったとすると,「コード領域内」という設問に反するため,その読み枠は考慮しなくて好いことになるかと思います。

もっとも,出題者が本当にそういうつもりかどうかまではわかりませんが。

QC言語でunsigned char配列を連結する方法ってありますか?

C言語でunsigned char配列を連結する方法ってありますか?

例えば
unsigned char test[]={0x00,0x02,0x03};
unsigned char test2[]={0x05,0x06};
という配列があったとして

test[]という配列のあとにtest2の配列を追加することは可能でしょうか?
{0x00,0x02,0x03,0x05,0x06}という配列になればOKです。

よろしくお願いします。

Aベストアンサー

testの領域は3バイトのため、それ以上の配列を追加することは出来ません。
もし、testのサイズが5バイト以上あれば、test2を追加することは、できます。
その場合は、memcpy(&test[3],test2,2); とすれば、
testの4バイト目からあとに、test2の2バイトが追加されます。
新たに配列を作成して良いなら、
unsigned char test3[5];として
memcpy(test3,test,3);
memcpy(&test3[3],test2,2);
とすれば、test3はtestとtest2を連結したものとなります。

QプラスミドDNA塩基配列について

現在、遺伝子について勉強しています。
その中でも、「プラスミドDNA」についてやってます。
が、イマイチよく分かりません。

GAAGGAATTCGAACTCC
CTTCCTTAAGCTTGAGG
(この2つは組み合ってます)

と、プラスミドDNA塩基配列があったとき、目的の遺伝子を入れるには、どこに入れば良いのでしょうか?
入れるときは制限酵素「EcoRI.KpnI.SmaI」のどれかを使うのでしょうか?

どうか教えて下さい。
宜しくお願いします。

Aベストアンサー

何かの試験問題とかですかね?
制限酵素の認識配列がそれぞれ
EcoR IGAATTC
Kpn IGGTACC
Sma ICCCGGG
なので、質問に書かれているような部位に挿入しようと思えば
MIYD様のおっしゃるようにEcoR Iとなります。

試験知識程度ならば問題ないのかもしれませんが、実際にこの方法を用いて何かをしようと考えておられるのであれば、もう少し勉強なさった方がいいと思います。EcoR Iを使えば必ずうまくいく訳ではありません。


人気Q&Aランキング

おすすめ情報