ちわっす!
答え魔ぽんたくんでっす♪
今日は困ったコトがあって、投稿しました。
DNAマーカー(λ/HindIII)を1%アガロースゲルで電気泳動してるんだけど、DNAが高分子の部分でスメア状のバンドを作って上手く分離できません!!
(DNAがすべて、高分子エリアにスメア状バンドとして集まってしまいます)
(T_T)
泳動バッファなどの試薬は調製済みのメーカー製プレミックス品を使っているので、試薬の組成は合ってます。
希釈率にもミスはありませんでした。
この場合、どのような原因が考えられますか?
<条件>
・泳動バッファ(TAEバッファ)
・ゲル(1×TAEバッファでアガロースを溶解した1%ゲル)
・電圧&時間(50v,90分)
・DNA量(100ng,10ng,3ng,1ng,300pg)
No.3ベストアンサー
- 回答日時:
3つ可能性をあげます。
1.lambda HindIIIではなく、未消化のlambda DNAを間違えて流した。
2.長期間冷蔵保存されていて、付着末端が水素結合を起こしている。Lambda末端のcos siteでこういう事が起こるのはご存じだと思いますが、ふつうの制限酵素末端でも起こることがあります。→泳動前に50-60℃で3-5分処理。
3.泳動サンプルはちゃんとバッファーされていますか?
ローディング「バッファー」はバッファー成分を含んでいないのがふつうで、しかもBPBなどで酸性になっていたりします。
制限酵素消化液などはバッファーされているのでそのまま加えて問題ないですが、バッファーされていないDNAの水溶液に加えると、DNAが変性したり移動度が変わるなど、おかしなことになります。泳動サンプルの希釈にはTEなどを使いましょう。
そういえば、乱暴にアプライしてもサンプルが溢れなかったような・・・・・
geneticist12さんの言うとおり、BPBが多すぎて酸性になってたのかも!
geneticist12さん、ありがとね!
(*^_^*)
BPBの量を減らして再トライしてみるよ。
No.2
- 回答日時:
何で検出しているのかわかりませんが、
EtBrでの検出でしたら、
λHindIIIトータルで10ng,3ng,1ng,300pgはバンドとして見ることができないのではないでしょうか。
スメア状になっているとしても3ngでぎりぎり、1ng以下は検出できないと思います。
もしどれのレーンも同じくらいのスメア状バンドとして見られているのならば、それはDNAではなくて何らかのごみだと思います。
ゲルが古いかアガロースの品質が悪いためにDNAが分離できていないのではないでしょうか。
ゲルが出来たてでないのでしたら、ウェルをよくピペッティングしてごみを除かないと同じような状態になることがあります。
もしくは間違えてアガーを使っていませんか?
お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!
おすすめ情報
- ・漫画をレンタルでお得に読める!
- ・人生のプチ美学を教えてください!!
- ・10秒目をつむったら…
- ・あなたの習慣について教えてください!!
- ・牛、豚、鶏、どれか一つ食べられなくなるとしたら?
- ・【大喜利】【投稿~9/18】 おとぎ話『桃太郎』の知られざるエピソード
- ・街中で見かけて「グッときた人」の思い出
- ・「一気に最後まで読んだ」本、教えて下さい!
- ・幼稚園時代「何組」でしたか?
- ・激凹みから立ち直る方法
- ・1つだけ過去を変えられるとしたら?
- ・【あるあるbot連動企画】あるあるbotに投稿したけど採用されなかったあるある募集
- ・【あるあるbot連動企画】フォロワー20万人のアカウントであなたのあるあるを披露してみませんか?
- ・映画のエンドロール観る派?観ない派?
- ・海外旅行から帰ってきたら、まず何を食べる?
- ・誕生日にもらった意外なもの
- ・天使と悪魔選手権
- ・ちょっと先の未来クイズ第2問
- ・【大喜利】【投稿~9/7】 ロボットの住む世界で流行ってる罰ゲームとは?
- ・推しミネラルウォーターはありますか?
- ・都道府県穴埋めゲーム
- ・この人頭いいなと思ったエピソード
- ・準・究極の選択
デイリーランキングこのカテゴリの人気デイリーQ&Aランキング
-
λDNAとはなんですか?
-
電気泳動のスメアバンド
-
制限酵素で有名なものは?
-
DNAの電気泳動の際に使うバッフ...
-
エタノール沈澱で、沈澱が出ま...
-
dCAPsマーカーで遺伝子異変を検...
-
塩化セシウム超遠心法
-
電気泳動によりDNAの分子量を求...
-
電気泳動のローディングバッフ...
-
電気泳動の失敗
-
制限酵素の問題
-
電気泳動写真からの濃度の求め方
-
制限酵素地図の作成方法(すみま...
-
アガロースゲル電気泳動でサン...
-
電気泳動のDNAバンドが出ないです
-
古文 四段活用と下二段活用
-
制限酵素処理後の保存
-
DNAを一晩、常温保存してしまい...
-
酵素 分子活性Kcatの算出方法
-
kcatを求める問題について教え...
マンスリーランキングこのカテゴリの人気マンスリーQ&Aランキング
おすすめ情報