NJ法について

手元にあるアミノ酸配列をclustalWにかけ、TreeViewを使いNJ法で系統樹を書きました。
そこで質問なのですが、この方法だとアミノ酸の性質の情報は完全に無視されると考えてもよいのでしょうか？
また、置換された塩基がタンパク質の活性化部位など重要な部位に対応しているかどうか等の構造的な情報も無視されているのでしょうか。
距離行列を利用して系統樹を書くNJ法では、保存されていないアミノ酸は性質の差（酸性、疎水性など）、構造的な位置情報に関係なく系統樹が書かれると思っているのですが、ソフトの詳しい機能を理解できていないため、このまま考察を進めても良いのか自信がありません…。

詳しい方いらっしゃいましたら、アドバイスをお願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： Chicago243 回答日時： 2006/07/11 11:28

基本的に配列がどれぐらい似ているかだけしか情報が得です。

ですからDNAの配列をつかうとそのDNA配列の相同性、アミノ酸配列ならその相同性だけです。構造という意味では全く無視されています。重要なアミノ酸ということであればマトリックスを選ぶことによりある程度考慮されるようになると思います。
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/lectures/literacy1 …
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/ …
http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/help/clustalw_h …
http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/bioinfo/h …

この回答へのお礼

丁寧なご回答ありがとうございました。
挙げてくださったURLも参考にさせていただきます。

お礼日時：2006/07/11 21:32