No.2ベストアンサー
- 回答日時:
植物屋ではないので、アグロがどういう形態でゲノムにintegrateするのかわかりませんが一般論で、
1.1コピーずつ異なった場所に独立に挿入する場合
例えば、ベクターの内部を一箇所だけ切る制限酵素でゲノムDNAを切る。そのサイトからゲノム上に現れる次のサイトまでの距離は挿入箇所ごとに異なるので、ベクター配列を含みそれぞれ長さの異なる断片を生じる。これを、ベクターを切った制限酵素サイトから右側、あるいは左側のみのベクタープローブで検出すると、現れたバンドの数が挿入の数に一致する。
2. 多コピーがタンデムに連なって挿入する場合(例えばマウスのトランスジェニック)
基本的には、「ハイブリダイズした後のバンドの濃さで確認する」です。ベクターの内部で二箇所以上切れる酵素で切断して、その断片のひとつ(つまりどのペクター挿入からも生じる同一の断片)をそれと相同のプローブで検出します。コピー数がわかったベクタープラスミドの希釈をコントロールとして、ゲノムDNAと同時に泳動し、バンドの濃さからサンプルに何コピー相当のベクターがあるかを求め、サンプルがゲノム何コピー分に相当するかからゲノム1コピー分中のベクターコピー数を求めるという方法になると思います。
最近では定量PCRを使うほうが洗練されていると思いますが。
この回答へのお礼
お礼日時:2007/07/29 23:48
なるほど。(1)の1コピーずつの場合がよくわからなかったんです。そういうことだったんですね。
バンドが複数でてたのに1コピーの挿入だ、としていた論文があったので混乱していたんです。その論文では他の2つの制限酵素処理でバンドが1つだったので結局1コピーとしていたんですが。
どうも丁寧にありがとうございました。
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