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生物学を学ぶ大学院生です。バイオインフォマティクスに足を突っ込んだため、perlを用いてデータ解析をする必要が出てきました。しかし私は生物学出身でこれまでプログラミングをしたことがなく、まずどんな環境で始めたらいいかで悩んでいます。
例えばOSについて「perlをやるならLinux/UNIXだ。」とか「macを買ったらいいよ。」とか「windowsでもできるじゃん。」など、いろいろな話を聞くので頭がパンクしそうです。
私はWindowsXPを使っています。しかし、書店で立ち読みしたPerlの参考書はUNIXを基本として説明しているものが多く、LinuxをはじめたりMacを購入したほうが勉強しやすいのではないかと思いました。
そして現在、パソコンの買い足しを検討しているのでperlを始めることも考慮して機種・OSを選んだほうがよいのでは?と感じています。

本当に1からプログラミング勉強開始で分からないことだらけです。助言がありましたらよろしくお願いします。

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A 回答 (6件)

実際の作業の上ではべつにOSは何でも構わないと思うけど


あなたがこれから「どうしたいのか」が一番大事です。
こういうのは指導教官に聞くのが一番確実です.
というか,指導教官と同じにするのが楽です.
教官がコンピュータに詳しければいいですが
そうでない場合,OSが違うと無駄な時間がかかります.

またbioperlなんかを使うなら,
WinでもUNIX系でも問題ないですが
UNIX系の方が情報がありそうです。

まあ,予算があるならWinで計算パワーのあるものを購入して,
必要に応じてVMwreとかで仮想マシンを作ってそこでUNIX系OSを
動かしたって構わないでしょう.

個人的にはUNIX系OSでコマンドラインの使い方に習熟した方が
いろいろできるようになるので良いとは思います.
複数の小さなツールを必要に応じて組み合わせて
一個の作業を自動的にさせるという生物系にも通じるような
考え方が存分に味わえます(^^;;

この回答への補足

>教官がコンピュータに詳しければいいですがそうでない場合,OSが違うと無駄な時間がかかります.
教官はそこまで詳しくないようです…

補足日時:2008/04/13 21:57
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この回答へのお礼

合わせてUNIX系のOSを勉強するメリットもありそうですね。検討してみたいと思います。

お礼日時:2008/04/13 22:03

Windows や Linux については、上で回答されているようなので、


書籍を紹介してみます。
すでにご存じかもしれませんが。


『実践バイオインフォマティクス ゲノム研究のためのコンピュータスキル』
著者: Cynthia Gibas
出版社: オライリー・ジャパン


『バイオインフォマティクスのためのPerl入門』
著者: 水島 洋
出版社: オライリー・ジャパン

参考URL:http://www.kenkyuu.net/books-05.html
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この回答へのお礼

ありがとうございます。参考URLにもたくさん載っていますね。早速書店で見てみようと思います。

お礼日時:2008/04/14 00:06

> 大規模な遺伝情報のデータを解析するためのプログラムを


> つくることになりそうそうなので
(略)
> もしも、Winで組んだプログラムを自分だけでなくMacを使っている人と
> 共有する場合は支障がでるのでしょうか?

零から全てを Perl のみでお書きになられるのでしたら問題はないと
思いますが、高速化を計るなどで C 言語を使ったモジュールなどを
付加される場合は多少の修正が必要であると思われます。

既にご存じかと思いますが、MacOSX のベースは BSD(UNIX系)です。

Mac OS X - Wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/Mac_OS_X
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この回答へのお礼

やはり、ラボの人たちと環境を合わせた方がよいのですね。
これから教えていただいたことをもとに検討・勉強していきたいと思います。
ありがとうございました。

お礼日時:2008/04/13 23:50

> LinuxをはじめたりMacを購入したほうが勉強しやすいのではないかと


> 思いました。

と、既にご自身で答えが出ているのではないでしょうか?

なので、私のアドバイスは殆んど蛇足ですが。

perl 関数の OS 依存する部分を除き perl の構文だけを学習すれば
良いのであれば、どの OS で学習してもかまわないと思われます。

生物情報学については全く知りませんが、このようなものをお使いに
なられるのでしょうか?

BioPerlへの道
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-PaloAlt …

どこまでの範囲をご自身で網羅されたいかによるのですが……
学内の端末 OS が Windwos ではない場合は Linux 等の UNIX 系 OS に
関する知識も身につけたほうがより良いのではないかと思われます。

・ Windows のデメリット
Windows に関する情報が少なかったり、最新のモジュールが必要な
場合に C 言語で書かれているモジュールだとコンパイルに苦労するの
ではないかと思われます。

この回答への補足

>生物情報学については全く知りませんが、このようなものをお使いに
なられるのでしょうか?
大規模な遺伝情報のデータを解析するためのプログラムをつくることになりそうなので、挙げていただいたHPに載っているものとは違ってくると思います。

>学内の端末 OS が Windwos ではない場合は Linux 等の UNIX 系 OS に
関する知識も身につけたほうがより良いのではないかと思われます。
学内端末は使わないのですが、ラボで解析に使っている共用パソコンはMacです。もしも、Winで組んだプログラムを自分だけでなくMacを使っている人と共有する場合は支障がでるのでしょうか?

補足日時:2008/04/13 21:46
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この回答へのお礼

windowsでの情報が少ないのは気になります。これを機会にUNIX系OSを始めることも考えてみようと思います。

お礼日時:2008/04/13 22:07

お使いのOSがwindowsXPで参考書がunix前提ならcygwinがお勧めです。


cygwinの環境は細かい点ではunixと異なりますが、けっこう似ています。データを解析するような用途ならOSに触ることもありませんから、違いはないはずです。
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この回答へのお礼

cygwinは聞いたことがありませんでした。調べてみます。

お礼日時:2008/04/13 21:43

今 WindowsXP を使用しているのであれば、それに ActivePerl などをインストールするのが良いでしょう。


別途 Linux を始めたり、Mac を始めたりすると、まずは「OS の設定や使い方」を覚える必要が出てきて、遠回りです。

文法上は Windows だろうが、Mac だろうが基本的に変わらないはずです。
それにデータ解析をした結果をまた加工したり、レポートにまとめたりするんですよね?
それは慣れた Windows 上でするんでしょう?

一からプログラミングを始めるのであれば、なおさら他のコトを気にせずに済む環境を使用するべきです。
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この回答へのお礼

確かにWindowsXPでPerlを始めればプログラミング以外の事で悩まなくてすみますね。かなり重要なことだと思います。

お礼日時:2008/04/13 21:42

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