痔になりやすい生活習慣とは?

こんにちは。
高校で習うメンデル遺伝の内容について質問させてください。
[質問1]
エンドウマメの劣性形質としてシワ豆があったと思います。この原因となる遺伝子は何でしょうか?
(大学の頃に、丸になるための多糖類だかなんだかを合成する遺伝子が潰れている・・・とか聞いた気がするのですが、忘れてしまいました)

[質問2]
ヒトでも見られる優性・劣性の例として、両手を握ったときに左手が上に来るか右手が上に来るか、というのがありますが、この形質はどういう遺伝子が原因なのでしょうか?これは皆目分かりません・・・。

以上質問いたします。よろしくお願いします。

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A 回答 (1件)

質問1はすでに示されていますね。

丁寧な解説ですので、サイトを載せておきます。
質問2はわかりません。

参考URL:http://okwave.jp/qa2147852.html
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この回答へのお礼

回答ありがとうございました。

お礼日時:2009/08/15 08:22

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Qメンデル遺伝

初歩的な質問で大変恐縮です。

えんどう豆のしわの有無を決定する遺伝子について調べています。
R遺伝子がSBE1をコードしていて、
r遺伝子はトランスポゾンによりSBE1の機能が失われている。
このR遺伝子とr遺伝子の違いを分子レベルで説明していただけないでしょうか。

よろしくお願い致します。

Aベストアンサー

初歩的な質問とおっしゃいますが、「へー」と思いました。古典的なメンデル遺伝でしかなじみのないエンドウマメも、分子生物学的な光が当たっていたのですね。

で、ちょっと調べてみました。
SBE1はsterch branching enzyme 1でデンプン分子の枝分かれを合成する酵素なのですね。これが機能を失ったrr型はデンプンの枝の合成ができずショ糖が蓄積し、その吸水性で初期胚が過剰にふくらみ、成熟とともに水分を失うためにしわしわになるそうです。

r型遺伝子は、SBE1遺伝子の翻訳配列に0.8 kbのAc/Ds様トランスポゾンが挿入しているために、転写はされても正常なタンパク質に翻訳されず、機能的なSBE1酵素ができないのですね。

原著論文は
Brian R. Calvi, Timothy J. Hong, Seth D. Findley and William M. Gelbart
Cell, 1991, 66:3:465-471

全文閲覧は有料購読者だけですが、abstructだけなら↓

参考URL:http://www.cell.com/content/article/abstract?uid=PII009286749090721P

初歩的な質問とおっしゃいますが、「へー」と思いました。古典的なメンデル遺伝でしかなじみのないエンドウマメも、分子生物学的な光が当たっていたのですね。

で、ちょっと調べてみました。
SBE1はsterch branching enzyme 1でデンプン分子の枝分かれを合成する酵素なのですね。これが機能を失ったrr型はデンプンの枝の合成ができずショ糖が蓄積し、その吸水性で初期胚が過剰にふくらみ、成熟とともに水分を失うためにしわしわになるそうです。

r型遺伝子は、SBE1遺伝子の翻訳配列に0.8 kbのAc/Ds様トラン...続きを読む

Qエクセルで計算すると2.43E-19などと表示される。Eとは何ですか?

よろしくお願いします。
エクセルの回帰分析をすると有意水準で2.43E-19などと表示されますが
Eとは何でしょうか?

また、回帰分析の数字の意味が良く分からないのですが、
皆さんは独学されましたか?それとも講座などをうけたのでしょうか?

回帰分析でR2(決定係数)しかみていないのですが
どうすれば回帰分析が分かるようになるのでしょうか?
本を読んだのですがいまいち難しくて分かりません。
教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるための指数表記のことですよ。
・よって、『2.43E-19』とは?
 2.43×1/(10の19乗)で、
 2.43×1/10000000000000000000となり、
 2.43×0.0000000000000000001だから、
 0.000000000000000000243という数値を意味します。

補足:
・E+数値は 10、100、1000 という大きい数を表します。
・E-数値は 0.1、0.01、0.001 という小さい数を表します。
・数学では『2.43×10』の次に、小さい数字で上に『19』と表示します。→http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E6%95%B0%E8%A1%A8%E8%A8%98
・最後に『回帰分析』とは何?下の『参考URL』をどうぞ。→『数学』カテゴリで質問してみては?

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%9B%9E%E5%B8%B0%E5%88%86%E6%9E%90

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるた...続きを読む

Q優性の法則、独立の法則、分離の法則の解説やそれぞれの違いを

優性の法則、独立の法則、分離の法則の解説やそれぞれの違いを
教えて下さい。出来れば分かり易く教えて戴ければ幸いです。

Aベストアンサー

もう解決しているかと思いますが、一応回答させてもらいます。
優性の法則は
劣性遺伝子の持つ形質にかかわらず、優性遺伝子が持つ形質が優先的に現れることを言います。

独立の法則と分離の法則は染色体が配偶子に配分されるときの話で、少し似ているので分かりにくいかと思います。
分離の法則から
分離の法則では1対の対立遺伝子に関して考えます。
減数分裂で、相同染色体は別々の配偶子にはいりますよね。だから対になっている対立遺伝子も別々の配偶子に入ることになります。これが分離の法則です。
次に、独立の法則
独立の法則では2対の対立遺伝子について考えます。
たとえば1対の対立遺伝子をAa、もう一対の対立遺伝子をBbとし、AaとBbは別の組の相同染色体にあるとします。そうすると減数分裂で相同染色体が分かれて2つの配偶子に入る時、AaのAは配偶子(1)、aは配偶子(2)に入るとします。このときBbは別の相同染色体にあるので配偶子(1)にBが入る時もあればbが入る時もあります。
このように2対の対立遺伝子が互いに影響しあうことなく対立遺伝子が配偶子に入ることを独立の法則といいます。

ざっと覚えるなら、1組の対立遺伝子に注目した時は独立の法則、2組以上の対立遺伝子に注目した時は分離の法則と覚えておけば差し支えないでしょう。

もう解決しているかと思いますが、一応回答させてもらいます。
優性の法則は
劣性遺伝子の持つ形質にかかわらず、優性遺伝子が持つ形質が優先的に現れることを言います。

独立の法則と分離の法則は染色体が配偶子に配分されるときの話で、少し似ているので分かりにくいかと思います。
分離の法則から
分離の法則では1対の対立遺伝子に関して考えます。
減数分裂で、相同染色体は別々の配偶子にはいりますよね。だから対になっている対立遺伝子も別々の配偶子に入ることになります。これが分離の法則です。
次に...続きを読む

Qヒートショック法について

化学のカテゴリーに同様の質問をさせて頂いたのですが、もしやカテゴリー違いなのでは、と思いこちらのカテゴリーにも質問させて頂きました。

質問は、タイトルどおりです。
コンピテントセルに蛍光性タンパク質ベクターを、ヒートショック法を用いて導入しました。
このヒートショック法の機構とかいったものについて語れる方、ご教授願いたいです。

また、今回原核細胞についてヒートショック法を行ったのですが、この方法は真核細胞には適用できませんよね?そこらへんの確認と、その理由をお教え願いたいです。

Aベストアンサー

大腸菌に対しての42℃のheat shockの原理は本当のところちゃんとわかっていないじゃないでしょうか。plasmidを取り込むだけであれば、このショックは必要としません。37℃でやるヒトもいるぐらいです。
現在のようにコンピテンシーの高いコンピテントセルを作る方法論が確立されてからは、あまり重要視されていないステップかもしれません。
都市伝説に近いですが、マラリアだったか、何らかの菌は凍結保存すると休眠状態でプレートに撒いても生えてこないが、熱ショックをかけると増殖が開始するという実験方法から派生して凍結保存しているコンピテントセルにplasmidを取り込ませてから、熱をかけて刺激するという方法が採られているという説もあります。
文面から察するに温度をかけることでplasmidが取り込まれるのならば、真核培養細胞でも同様の方法はあり得るかという意味かと思いましたが、実際に大腸菌でもメンブレンをplasmidが通過するためにいろいろと工夫がなされています。どの細胞にも共通で使用される方法といえば、あえて言うなら電気穿孔法つまりエレクトロポレーション法でしょうか。
ご参考になれば幸いです。

大腸菌に対しての42℃のheat shockの原理は本当のところちゃんとわかっていないじゃないでしょうか。plasmidを取り込むだけであれば、このショックは必要としません。37℃でやるヒトもいるぐらいです。
現在のようにコンピテンシーの高いコンピテントセルを作る方法論が確立されてからは、あまり重要視されていないステップかもしれません。
都市伝説に近いですが、マラリアだったか、何らかの菌は凍結保存すると休眠状態でプレートに撒いても生えてこないが、熱ショックをかけると増殖が開始するという実験方法か...続きを読む

QOct3/4、Sox2、Klf4、c-Mycはどんな機能を持った遺伝子ですか

○再生誘導研究 教授 山中 伸弥
http://www.med.kyoto-u.ac.jp/J/grad_school/introduction/1517/

ここで質問ですが,iPS(induced pluripotent stem)細胞は Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc の4種の遺伝子を導入して作出したようですが,この4種の遺伝子の元々の機能はどんな機能なのでしょうか。ご教示下さい。

Aベストアンサー

http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/events/gakuyukai/post_46.php
転写因子Oct3/4 (POU domain, class5, transcription factor 1; Pou5f1) はマウスES細胞の未分化能維持に重要な働きをしていることが知られている。つまり未分化ES細胞ではOct3/4の発現量が厳密にコントロールされており、もしその発現が通常量の1.5倍、或は0.5倍に変化するとES細胞は分化を開始する。

http://www.jsdb.jp/kaisai/jsdb2005/programdisp.php?id=he380182
Sox2はSox (SRY-related HMG box) 遺伝子ファミリーに属し、DNA結合能を持つHMGドメインと転写活性化ドメインから成る転写因子である。マウスにおけるその発現は生殖細胞をはじめ、初期胚での未分化細胞集団である内部細胞塊およびエピブラスト、神経系の幹細胞や前駆細胞にみられ、その機能の未分化性への関与を強く示唆することが知られていた。さらに試験管内での解析から、Sox2は未分化性特異的転写因子であるOct-3/4と協調して様々な下流遺伝子の発現を制御しうることが明らかにされており、生体内での機能解析が望まれていた。

http://www.natureasia.com/japan/cancer/highlights/article.php?i=56138
Kru ppel様因子4 (KLF4)という転写因子は、さまざまな癌で腫瘍抑制因子として機能するが、乳癌など、それ以外の癌では癌遺伝子として機能する。Daniel PeeperらはNature Cell Biologyに掲載された論文で、腫瘍形成にみるKLF4のJanus様挙動を説明する分子機序をいくつか特定している。

Peeperらはこのほか、KLF4を介するp53の抑制から、乳癌細胞にみるKLF4の発癌へ向けた動きの説明がつくかどうかを検討し、ヒト乳癌細胞系のKLF4を抑制すると、p53が再び発現するようになり、アポトーシスを来すことを突き止めた。このことから、KLF4によるp53 の抑制は、乳癌細胞の生存に重要と思われ、こうした細胞にみるKLF4の発癌作用はこれによって説明できると考えられる。

http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/events/gakuyukai/post_46.php
転写因子Oct3/4 (POU domain, class5, transcription factor 1; Pou5f1) はマウスES細胞の未分化能維持に重要な働きをしていることが知られている。つまり未分化ES細胞ではOct3/4の発現量が厳密にコントロールされており、もしその発現が通常量の1.5倍、或は0.5倍に変化するとES細胞は分化を開始する。

http://www.jsdb.jp/kaisai/jsdb2005/programdisp.php?id=he380182
Sox2はSox (SRY-related HMG box) 遺伝子ファミリーに属し、D...続きを読む

Qエンドウ豆のの遺伝について。

えんどう豆の遺伝について、知りたいのですが、豆の
色を決める遺伝子で、F1ならば、表現型は、黄で遺伝子型
は、Yy F2ならば、表現型は 黄:緑=3:1 で、
遺伝子型は、YY:Yy:yy=1:2:1 なのですが、
F3の表現型と遺伝子型はどうなるのでしょうか?
教えてください。

Aベストアンサー

回答の前に幾つかの前提をたてる必要があります。
1.エンドウは一般に自家受粉する植物です。ここでは全て自家受粉すると仮定します。
2.集団内の全ての個体が同じ数だけの子孫を残すとします。

以上をもとにF2でYYが1個体、Yyが2個体、yyが1個体あったとして、それぞれが4個体の子孫を残すとします。
YY1個体の子孫はYYが4個体
Yy2個体の子孫はYY2個体、Yy4個体、yy2個体
yy1個体の子孫はyyが4個体 となります。
子孫を遺伝子型別に集計すると
YY:Yy:yy=6:4:6=3:2:3  
表現型では黄:緑=5:3となります。

同様にF4世代では
YY:Yy:yy=7:2:7 で、表現型は黄:緑=9:7となります。

全ての個体が自殖を繰り返すという前提のもとでは、世代が進むごとに、ヘテロ型の割合は0に近づき、黄:緑の比率も限りなく1:1に近づいて行きます。

一定の割合で他家受粉をする場合には、他家受粉率に応じてヘテロ個体の割合は一定の割合に近づいていきます。
 

Q統計で、有意水準を、0.01あるいは、0.05に決める意味は?

統計で、有意水準を、0.01あるいは、0.05に決める意味が
わかりません。分析する人によって決められると思うのですが、何を基準に
きめればよいのでしょうか?

あと、t検定とは、どんな検定の仕方なのでしょうか?よろしくお願いします。

Aベストアンサー

◇0.05と0.01の使い分けについて

 一般的には 0.05 (危険率5%)を使います。

 理由は、工業製品の場合、多数の集合体から少数をサンプリングして
 カタマリが合格するか?または違いがあるか短時間に判断を
 下す(スクリーニングする)ことが要求されます。 
  また、正確な結果を求めるには、それ相応のデータ数を採る必要
 ありますが、それには時間と労力が掛かります。
 従いまして、費用対効果を念頭におき、危険率を決めます。
 
 大抵の場合、危険率5%の有意差検定にて済みます。
 但し、要求が厳しい場合とか、測定結果の差が大きい場合には
 1%でも検定して結果を記載します。

◇t分布表にて判断する適用範囲;下記条件の場合 t分布を使います。

<< 適用条件 >>
 ロットが異なる2つのサンプル群の標準偏差が未知な場合。
<< 適用範囲 >> 
 1.サンプリングして得られた平均値の差に違いがあるか?判断する場合。
 2.平均値の範囲を推定する(区間推定)場合。

例)ある製品を条件を変えて製造した場合、2つの集合体(カタマリ)
   ができる。そこから各30ケづつサンプリングして平均値を求める。
   この平均値に違いがあるか判断する場合に t分布を使います。

 一般的な工業製品は、全数検査しないうえ、これから作るモノの品質を
 予測しながら保証しければなりません。この場合にはt分布を使うわけです。
 
 一方、サンプル全数を測定して標準偏差が分かっている場合は、
 正規分布表にて有意差検定します。
 つまり、母集団の標準偏差が既知(キチ)の場合、正規分布表を使います。

◇その他
 ご参考まで、既にご存知であろうと思いますが・・・
・0.05 とは危険率 5%という意味で, 確率 5%の割合で間違った
 判断を下す事があるという事です。 
・検定結”判果にて ”有意差が無い”ということは ”同じである"という事
 ではありません。 このデータだけからでは断が下せない”と
 いうだけです。
                       以 上
                  

◇0.05と0.01の使い分けについて

 一般的には 0.05 (危険率5%)を使います。

 理由は、工業製品の場合、多数の集合体から少数をサンプリングして
 カタマリが合格するか?または違いがあるか短時間に判断を
 下す(スクリーニングする)ことが要求されます。 
  また、正確な結果を求めるには、それ相応のデータ数を採る必要
 ありますが、それには時間と労力が掛かります。
 従いまして、費用対効果を念頭におき、危険率を決めます。
 
 大抵の場合、危険率5%の有意差検定にて済みま...続きを読む

Q遺伝子改変マウスについて

趣味で生物学を勉強している者です。最近は様々な遺伝子を潰したり入れたりしているマウスがあるようですが、その名称で混乱している部分があるので質問させていただきます。ノックアウトマウスは特定の遺伝子を欠損させているというのは理解できますが、その逆のノックインマウスとトランスジェニックマウスは両者にどのような違いがあるのでしょうか?

よろしくおねがいします。

Aベストアンサー

トランスジェニック(遺伝子導入)は、文字通りある生物のゲノムに(染色体に組み込まれたかたちで)、人為的に外来の遺伝子を導入したものです。ですから、ノックアウトにせよノックインにせよ、トランスジェニックの一種です。組み換えDNA実験の法令のなかでも、すべて遺伝子導入生物として扱われます。

実際の現場では、トランスジェニックは、特に外来の遺伝子を染色体上の不特定の場所に挿入させることをさします。たとえば、ある変異の原因遺伝子がこれであるということを証明するために、正常な遺伝子を導入することで変異体の表現型が回復するかどうかを見るような場合に使います。マウスでは、受精卵にDNAを注射して、妊娠マウスに借り腹させて作成します。

ノックアウトは、ある遺伝子をつぶしたときにどういう異常が起こるかを見るために行われます。これは、狙った遺伝子と相同な配列を持ち、内部に遺伝子の機能を失わせるような欠失や挿入、あるいはストップコドンなどを導入したDNAを入れて、相同組み換えによってゲノム上の遺伝子と入れ替えることによって行います。うまく相同組み換えがおこる頻度は非常に低いので、受精卵に注射するのではなく、細胞培養実験のテクニックを利用して、多数の胚性幹細胞(ES cell)に、どばっとDNAを導入して、そのなかから、うまくいったものをスクリーニングするという方法がとられます。これを、別に採取した胚に移植して作成します。詳しいことは割愛します。

ノックインは、ノックアウトと同様に作成しますが、ゲノム上の遺伝子と入れ替える部分に、何か機能的な遺伝子を入れておくところが違います。たとえば、ある遺伝子の内部にGFP(クラゲ由来の蛍光たんぱく質)遺伝子を導入すると、その遺伝子の発現する場所や時期が、蛍光によってモニターできるようになります。最近では、ノックアウトを目的とする場合でも、発現の指標となるような遺伝子のノックインが同時にできるようにデザインすることが普通になってきました。

トランスジェニック(遺伝子導入)は、文字通りある生物のゲノムに(染色体に組み込まれたかたちで)、人為的に外来の遺伝子を導入したものです。ですから、ノックアウトにせよノックインにせよ、トランスジェニックの一種です。組み換えDNA実験の法令のなかでも、すべて遺伝子導入生物として扱われます。

実際の現場では、トランスジェニックは、特に外来の遺伝子を染色体上の不特定の場所に挿入させることをさします。たとえば、ある変異の原因遺伝子がこれであるということを証明するために、正常な遺伝子を...続きを読む

Qアポプラストとシンプラストの役割

こんにちは。
よくわからないので教えてください。
質問はしますが、継続して自分でも調べますので、「自分で調べて」などといった回答はご遠慮願います。

アポプラスト、シンプラストの構造は理解したのですが、物質の移動における役割がわかりません。
もちろん、物質を輸送するのはわかっています。

なので、アポプラストとシンプラストの使い分けと、
物質の移動における違いを教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

 アポプラストでの輸送は、基本的には拡散および水の流れに乗った移動です。一方、シンプラストでの輸送は、(原形質膜と)原形質連絡を介した輸送です。原形質膜と、と書いたのは、細胞外にある物質がシンプラストで運ばれるには、はじめに原形質膜を介して細胞内に輸送される必要があるからです。
 ここで最も大きな違いは、物質の選択性だろうと思います。
 親水性の物質や無機イオンなどが原形質膜を通過するには、チャネルやトランスポーターの存在が必要なため、その細胞で発現しているそれらの種類によって、選択性が生じます。さらに、原形質連絡でも、最近では、物質の移動が制御されているらしいという話を聞きますから、ここでも選択性がある可能性は充分あります。
 植物の根には、アポプラスとで通過できないカスパリー線(不透膜/厚膜組織)が存在します。土壌中の物質は、拡散や水流によってカスパリー線の外側までは根に浸透します(アポプラスト)。しかし、このカスパリー線を乗り越えて根のより中心に移動し、ついには地上部まで到達するには、一度原形質膜を通過して細胞内に吸収されなければなりません(シンプラスト)。この機構によって、植物は、体内に吸収する物質の選択をしています。また、カスパリー線さえ越えてしまえれば、長距離の輸送では、拡散や水流に乗せたほう(アポプラスト)が早く且つ経済的に輸送しやすいかもしれません。
 これで回答になっていますか?眠いので乱雑な文ですみません。

 アポプラストでの輸送は、基本的には拡散および水の流れに乗った移動です。一方、シンプラストでの輸送は、(原形質膜と)原形質連絡を介した輸送です。原形質膜と、と書いたのは、細胞外にある物質がシンプラストで運ばれるには、はじめに原形質膜を介して細胞内に輸送される必要があるからです。
 ここで最も大きな違いは、物質の選択性だろうと思います。
 親水性の物質や無機イオンなどが原形質膜を通過するには、チャネルやトランスポーターの存在が必要なため、その細胞で発現しているそれらの種類に...続きを読む

QアルカリSDS法におけるDNAとプラスミドの分離について

大学生になり、生物実験でアルカリSDSを行っている者です。
アルカリSDSによるゲノムDNAとプラスミドを分離する原理について色々な説明がありますが、よく分からないことがあります。solutionIIで菌体膜を壊し、プラスミドDNA及びゲノムDNAは一本鎖に解離します。そして、solutionIIIで中和することにより、比較的小さいプラスミドDNAは二本鎖に戻りますが、ゲノムDNAは1本鎖のままです。ある本では、この一本鎖DNAはタンパクとともに絡まって不溶性画分となって沈殿するのでプラスミドと分離できる、とありました。そしてボルテックスはsolutionIIを加えた以降は禁止で転倒混和ですが、これは激しいボルテックスによりゲノムDNAも粉々になって上清画分に出てきてしまうため、また、膜にゲノムDNAは結合していて膜とともに沈殿させることができるが、DNAが細かく切れると膜とともに沈殿させることができないため、という文もありました。疑問に思うことは以下の6つです。

(1)一本鎖になるとニックが入りやすくなるのに、プラスミドは二本鎖に戻し、ゲノムDNAを一本鎖のままにすることが、ボルテックスなどでゲノムDNAが細かくなるのを防ぎたいということと矛盾している気がします。細かくなると不都合になるのになぜわざわざ一本鎖にするのでしょうか?
(2)その後のエタ沈でDNAを沈殿させますが、一本鎖のほうが二本鎖より沈殿させやすいのしょうか?原理的にはDNAはエタノールに不溶性なため沈殿することを考えると、一本鎖でも二本鎖でも不溶性なことには違いがありませんよね?一本鎖の方がもつれて絡まりやすいから凝集するのでしょうか?
(3)ゲノムDNAは菌体の膜に結合していて一緒に沈殿しやすいというイメージがよく分からないのですが、膜に所々DNAが細胞骨格などとともに結合しているのでしょうか?何かのタンパクを介しているのでしょうか?
(4)solitionIでTris-HCl(pH.8.0)などの緩衝液を加え、菌体をボルテックスして懸濁する必要があるのは後のsolutionII以降の操作のためにどのような目的がありのでしょうか?EDTAでDNaseなどを不活性化するのは分かるのですが…。またグルコースも加えるのは何のためなのでしょう。Tris-HClで十分緩衝液になっている気がします。
(5)エタ沈の前に、フェノールクロロホルム抽出をはさむプロトコールがありました。フェノールクロロホルム抽出をはさまなくても、solutionIIのアルカリ性でタンパクは変性し、不溶性となるので、核酸と分離できるはずですが、はさむ方法もあるのは、よりタンパクを取り除くためでしょうか?
(6)こちらは、確認質問なのですが、エタ沈の目的は核酸の沈殿であって、タンパクとの分離はできませんよね?

ちまちまとすみませんが、どなたかよろしくお願いします。

大学生になり、生物実験でアルカリSDSを行っている者です。
アルカリSDSによるゲノムDNAとプラスミドを分離する原理について色々な説明がありますが、よく分からないことがあります。solutionIIで菌体膜を壊し、プラスミドDNA及びゲノムDNAは一本鎖に解離します。そして、solutionIIIで中和することにより、比較的小さいプラスミドDNAは二本鎖に戻りますが、ゲノムDNAは1本鎖のままです。ある本では、この一本鎖DNAはタンパクとともに絡まって不溶性画分となって沈殿するのでプラスミドと分離できる、...続きを読む

Aベストアンサー

(1) ゲノムDNAを一本鎖のままにしておくのが目的ではなく、プラスミドDNAだけを二本鎖に戻して可溶性画分へ移すのが目的です。
すでに質問者様がお調べの通り、比較的巨大な一本鎖DNAはアルカリ性(sol.2)から酸性(sol.3)に戻るときにタンパク質等と一緒に沈殿すると言われています。一方、プラスミドDNAや断片化した小さなDNAはリアニリングして可溶性画分に移ってしまいます。もしゲノムDNAが断片化していると、このときにプラスミドDNAとともに可溶性画分として回収されてしまいますので(じゃまなので)、それを防ぐ為に穏やかな条件で回収しているのではないでしょうか。

(2)これはエタノール沈殿の条件では、一本鎖、二本鎖に違いはあまりないと思います。

(3)細胞質中で膜結合性タンパク質との巨大複合体として存在していると言われています。sol3の後の遠心で一緒に巻き込まれて沈殿する、というようなイメージではないでしょうか。

(4)EDTA等は、仰るようにDNAの安定化の為だと思います。
グルコースは浸透圧のコントロールとして、また後のエタノール沈殿のときにはDNAの共沈剤の効果があると言われています。浸透圧のコントロールとして塩を加えてもよいのですが、塩はDNAと不溶性複合体をつくりますので、最近のプロトコルはglucoseみたいですね(私が学生の頃はEDTA以外特になにも入っていませんでした)。後者はエタ沈の時にグリコーゲンを加える事があるのと一緒ではないでしょうか。

(5)仰るようにタンパク質を完全に除去する為です。目的によっては省略してもよいでしょう。また、フェノクロの後はフェノールを完全に除去するためにクロイソ処理が必須です。

(6)この場合のエタ沈はプラスミドDNAを単離することです。が、sol.3を回収すればタンパク質の分析も・・・できるかも。実際にQIAGENなどからは1本の培養系からDNA、RNA、タンパク質を同時に精製するkitがあります(ありました。今はちょっとわかりません)

(2)と(3)はゲノムDNAのtopologyの問題ですかね。
僕は専門ではありませんので、曖昧です。すみません。

(1) ゲノムDNAを一本鎖のままにしておくのが目的ではなく、プラスミドDNAだけを二本鎖に戻して可溶性画分へ移すのが目的です。
すでに質問者様がお調べの通り、比較的巨大な一本鎖DNAはアルカリ性(sol.2)から酸性(sol.3)に戻るときにタンパク質等と一緒に沈殿すると言われています。一方、プラスミドDNAや断片化した小さなDNAはリアニリングして可溶性画分に移ってしまいます。もしゲノムDNAが断片化していると、このときにプラスミドDNAとともに可溶性画分として回収されてしまいますので(じゃまなので)、そ...続きを読む


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