DNAの塩基配列で雑種と結論する手順

を教えて下さい

No.4 回答者： 1fan9 回答日時： 2019/04/10 13:31

再度、ご回答いたします。

＞もちろん２集団間で移動度に差が有れば配列委託に回す、です。

誤解をされているようですが、バンドの移動度だけで配列の違いの判定は困難です。
DNAの増幅断片の移動度に差がない場合でも、配列が大きく異なる場合があります。
つまり、全く異なるDNA断片でも長さが同じであれば同じ移動度となる場合があります。
逆に、DNAの配列にほとんど差がなくても、長さが少し変わることで、異なる移動度になることがあります。

また、植物細胞ではパラログ（遺伝子重複によって二つの遺伝子が生じる事）が多いことや、
ゲノムが4組以上存在するような複雑な場合があることも挙げられます。

そういった場合、rbcL、matK、ND5、COIを増幅した際に、複数種類のバンドが出る可能性も考えられます。

また、繰り返しになるかもしれませんが、rbcL、matK、ND5、COIの配列のみを用いて近縁種の違いを調べることは困難な場合が予想されます。

当方は植物は専門ではなく推察ですが、ご参考まで。

＞居住地の大学の遺伝子センターに開催を提案するつもりです。

それで、うまくいきますことを願います。
またお近くの大学の公開講座やサイエンスカフェ等で、分子生物学に関して受講されると、お尋ねのようなことを教員や研究員に相談できる機会があるかもしれません。

No.3 回答者： 1fan9 回答日時： 2019/04/10 10:00

追記です。

以下の資料にも書かれていますが、

rbcLなどのDNA バーコード領域を実験室で大量に増幅した後に塩基配列を解析します。
https://www.ffpri.affrc.go.jp/pubs/seikasenshu/2 …
とあります。

つまり、rbcL領域を増やして泳動だけでは不十分で、そのあと塩基配列を読む操作が必要です。
塩基配列を読むにはそれなりの設備が必要となります。

しかしながら、実際にrbcL領域を読むだけでは、大まかな種の分類だけしかできませんので、
桜の品種を同定するなどといった、同種内での品種の分析ということになるとさらに別の領域を読む必要があります。

この回答へのお礼

rbcL、matK、ND5、COIの4断片を配列決定委託に出す予定です。

お礼日時：2019/04/10 12:51

No.2 回答者： 1fan9 回答日時： 2019/04/10 09:47

＞異なるゲノムを１対ずつ持つがわかりません。

ヒトのような2n（二倍体生物）においては2組のゲノムが存在すると考え方です。
母親由来のゲノムと、父親由来といった異なるゲノムをそれぞれ1組持つということです。
以下のように高校生物を参考にされてください。
https://kou.benesse.co.jp/nigate/science/a13r04b …

＞DIYで植物のrbcLなど短い遺伝子配列の泳動をしようと手技を勉強しておりますが

以前のご質問でもお見かけしたかもしれませんが、基本的には電気泳動だけで種の同定は困難です。

誤解があったままでは、正しい結果が得られないこともありますので、
どこか研究機関で研修を受けられることもおすすめです。

この回答へのお礼

前にも聞いたと言われる不快さを避けて、
そろそろ質問は止めようと考えておりますが、
あまり目にせぬ表現の文があると意味を確定したくなって
また質問してしまう今日この頃です。

＞基本的には電気泳動だけで種の同定は困難
への引用文は種の同定をすることを意味しませんよ。
前から繰り返しておりますが、
未使用の高価な泳動装置と電源を所有しておりますので
使ってやらねば不道徳なので泳動して遊んでやることが目的です。
で、もちろん２集団間で移動度に差が有れば配列委託に回す、です。

年度を特定するとほとんどno hitになると考えて
不特定で実験の講習会を探したら
7件ばかり有りましたが、問い合わせたら
現在は不実施とか高校生や高校教師限定が多く、
一般人相手で2019にも開催予定は極少なので
参加できておりません。

居住地の大学の遺伝子センターに開催を提案するつもりです。

お礼日時：2019/04/10 12:50

No.1 回答者： 1fan9 回答日時： 2019/04/09 18:34

ご質問がざっくりとしすぎていて答えにくいですが、

例えばライオンとトラの間の種間雑種（ライガー）なら、全く異なるゲノムを１対ずつ持つので両方の遺伝情報を持っています。
従って、両種のDNA配列を有します（ミトコンドリアは母親由来）。

イヌの雑種等の場合は、イヌという同種内の異なる品種間での雑種なので、ゲノムの一部あるいは全部が読まれているものについて、比較検討ができるようです。
種特異的な配列があるようで、マイクロサテライトマーカー、ポジショナルクローニング法を用いるようです。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/abgri/44/2/ …

他の生物種や品種に関しても、同様の方法で比較できると思いますが、高度な情報技術が必要かもしれません。

この回答へのお礼

DIYで植物のrbcLなど短い遺伝子配列の泳動をしようと
手技を勉強しておりますが、細かすぎてまいった参ったです。
その上カナ語やabc略語が多いので表意文字の漢字の利点が生かせず
大弱りです。

＞異なるゲノムを１対ずつ持つ
がわかりません。

まずゲノムという語は多義的なので
定義してから話始める必要が有るので嫌いです（＾\＾）
この場合は核の中の遺伝子DNAのことですよね。

「１対ずつ」が理解不能の核心です。
DNAが核内にある場合は相補的塩基対の二本鎖ですよね。
二本鎖の対応する「１対ずつ」が異なるゲノムであるとは何のことですか。

お礼日時：2019/04/09 21:29