RT-PCRでのプライマー設計

締切済

質問者：takeshi0727
質問日時：2006/06/01 01:15
回答数：1件

生命理工学部の三年生です。
RNA発現量をみるためにRTーPCRを使うのはわかるのですが、このときなぜプライマーの設計をイントロンをはさむようにしなければならないのかがわかりません。どなたかご教示お願いします。

通報する

この質問への回答は締め切られました。

質問の本文を隠す

回答 (1件)

最新から表示
回答順に表示

No.1

回答者： Chicago243
回答日時：2006/06/01 13:16

cDNAでなくゲノムから増幅されるシグナルを抑えるためです。

イントロンは非常に長いことが多いのでゲノムからのシグナルが得られないか、違う場所にバンドが現れるので区別することができるなどの利点があります。RT-PCRもリアルタイムかどうかで少し考え方が変わってきますが、基本的にはおなじです.cDNAを作る時あらかじめDNase処理をするのでその必要があるのかという疑問もあるでしょうが、以下のように考えられます。PCRは1コピーでも増幅可能です。ゲノムが1コピーも残らずDNaseで切られている保障はありません。例えばゲノムがあるサンプルは1コピー残っていてほかは2コピー残っていればベースラインが2倍違ってきます。イントロンをはさんでおくとプライマーではさんだ間のゲノムの長さが長くなるのでDNaseによる分解で生き残るゲノムの量も極端に落ちるのでコンタミを検出する確率も極端に落ちます。

あとRNA精製で、ゲノムのコンタミは避けられないものと考えてください。最近改善されたキットが出ているようですが、現状は把握していません。