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No.1
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1)ビオトープは完全止水で行う場合と、強制循環ポンプを用いる場合があります。
後者の方がバラエティーのある水辺を形成することが可能ですが、ポンプが非常に高価です。完全止水といっても、太陽光で暖められると循環は緩やかにおこります。またヨシなどの植物を置かないと汚泥がたまりやすくなりますので管理が難しいのです。
2)1)にも関連しますが、植物の保温力はかなりのものがあります。環境に適した生物を選べば問題はありません。でも水深は50cm程度はとったほうが安全だと思います。色の変化は体調の不良による/代謝の低下によるものだと思います。
3)本来、町周辺からこうした水辺が失われたのは開発及び周辺環境の悪化です。池の水量が少なく大量の雨水が流れ込めばpHの変化以外にも酸素飽和度の低下によって環境は非常に劣悪になります。そういう意味でできる限り雨水の影響を受けない工夫(水量を増やす、強制的に循環させる、雨水を一旦濾過するなど)をする必要があります。
簡潔に答えれば、状況次第です。
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