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それぞれのコンパートメントを構成する膜の膜上や内腔に存在するタンパク質等の生体物質やその他の化学物質の種類は独特です。
ですので、それぞれのコンパートメントが膜で仕切られていることで、異なる仕事を行えるのだと思います。
それぞれのコンパートメントで別々の仕事が行えるように、適所に適当な化合物が輸送されるようになってるようです。
(コンパートメント化されたものは比較的閉じた空間を形成しますが、異なる膜同士が混ざり合うことや、ある膜系が別の膜系を囲むことなどもあると思いますが。)
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